工程结算所暴露的问题，通常发生在招投标合同签订阶段、合同履行阶段、及工程结算等三个阶段，每个阶段又有不同性质的风险。笔者结合多年建设工程纠纷处理实务经验，将其概括总结为“三个阶段十大风险”。
第一阶段：招标投标及合同签订相关风险(前期风险)
风险1：合同无效风险
据报道，在施工合同纠纷案件中，有超过20%的施工合同被认定无效。司法实务中施工合同被认定无效的情形主要是违反建筑法（如没有施工资质、工程转包、挂靠等情形）或违反招标投标法规定（如依法应当招标而未招标、串通投标导致中标无效及合同无效等）。
施工合同无效会对工程造价、工期及质量索赔、欠款利息等造成一定的影响。其中如何确定工程造价是发承包双方最大的争议。
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》相关规定，即使建设工程施工合同无效，只要工程竣工验收合格，承包人仍可请求参照合同约定请求支付工程价款。但承包人或发包人无权因合同无效而主张工程价款按定额价或市场价据实结算。
另外，如合同无效，承发包双方均无权再依据无效合同约定追究对方的违约责任(如工期违约责任等)，而只能追究对方的过错责任。因此，不论合同是否有效，施工企业一方面应确保工程质量合格，这是工程款结算的前提条件。
另一方面，即便合同无效也应参照无效合同中约定的计价条款进行结算，因此施工单位应对工程计价及价款调整等条款约定予以充分重视。
风险2：黑白合同及让利风险
”黑白合同”又称为”阴阳合同”，是指合同当事人就同一建设工程订立两份以上的内容不同的施工合同，其中向建设行政主管部门备案的中标合同，称为”阳合同”或”白合同”，未备案的合同称为”阴合同”或”黑合同”。在我国工程建设领域“黑白合同”问题至今屡禁不止，且通常都发生在招投标合同签订阶段，由此导致的结算纠纷也极为常见。
