《自然保护区条例》将自然保护区划分为核心区、缓冲区和实验区三部分。核心区是自然保护区着重保护的区域，除经批准进入从事科学研究活动外，禁止任何单位和个人进入。核心区外围是缓冲区，只准进入从事科学研究观测活动。缓冲区外围划为实验区，可以进入从事科研、教学、旅游等活动。由此可知，自然保护区是企业建设、经营的敏感词，在现有法律体系下，二者几乎是水火不容的存在。而实务中，建在自然保护区的企业也不在少数，有的企业私自动工建设，而有的企业又经过各种行政审批。
在目前全国环境整治的高压下，政府部门往往选择联合执法或者轮流执法，对自然保护区内的企业进行“围剿”。对于第一种情况，，企业自身合法性严重欠缺，无法承受政府执法的压力。本文重点讨论后一种情况。
自然保护区建立前，企业只要符合法定条件，便可取得行政许可手续进行建设、经营。自然保护区划定后，由于行政系统信息不同步，政府部门各自为政，批准企业建设经营的也不在少数。政府部门“围剿”手段层出不穷，但总体上都会回避在先的行政审批情况，而是针对现阶段的法律规定作出各类关停、退出决定。在此情况下，企业除了对关停、退出决定提出异议外，更应把重点放在在先的行政审批上。
一、政府部门的审批效力
政府部门对企业建设经营作出的审批属于行政许可。根据《行政许可法》的规定，行政许可自批准之日起生效，依法取得的行政许可受法律保护，政府部门不得擅自改变已经生效的行政许可。
对于自然保护区建立前就获批建设经营的企业，因自然保护区建立而不能继续经营的，符合《行政许可法》关于“准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可”的规定，政府部门有撤回许可的法律依据。
