由伽利略、牛顿、笛卡儿等科学家开创的近代科学奠定了现代科学技术发展的基础，带来了人类社会 400多年的文明和繁荣。用分解还原方法揭示出原子、中子、质子、电子以至基本粒子结构的“夸克模型”，帮助人们对物质世界的组成有了较清晰的认识。牛顿力学体系如此完美，以至于人们相信自然科学中的很多问题都能从它那里得到准确、圆满的解释。
近代科学的方法论是还原论（reductionism）。还原论观点认为，事物高层次的行为规律完全决定于低层次的特征，只要把研究对象分解到某个基本层次，就能够认识事物的整体功能，或者说，部分可以决定整体。还原论方法的核心词汇是“分解”，即把高层的事物通过分解为低层的部分来理解和描述。在还原论方法的解析下，世界所展现的内在联系机制是简单的，似乎一切运动都可以描述为机械运动的线性组合，包括诸如生命和社会发展的各种运动形式都可以用机械运动的法则去解释。
20 世纪中期，还原论观点受到了系统学者的质疑。他们认为，对事物微观层次部分的认识不等于对其组成高层次时所涌现出来的整体特性的认识；生物和人类社会中大量的复杂现象，也不是仅用机械原理就可以解释的。系统学者定义系统是由相互关联的元素组成的整体。系统功能是由元素、关系和环境共同决定的。通过各组成部分之间以及与环境之间的相互作用，系统可以涌现出新的品质，从而保持不断的进化。系统科学是通过揭露和克服还原论的片面性和局限性而发展起来的。系统思想的核心是整体观点，系统科学是关于整体性的科学；演化是系统的普遍特性，系统科学是研究演化的科学；系统复杂性，即涌现、自组织、自适应、演化等系统复杂性特征，特别是宏观演化规律的微观机制是系统科学研究的核心。因此可以说系统观点是整体的观点、演化的观点和复杂性的观点；系统方法是从整体目标出发，通过分解集成，实现整体能力的方法。系统思维（systems thinking）是基于系统观点和方法的思维方式。
