中国历史上的神秘组织有很多，最为神秘的要数巫教，巫教最早出现于先秦的记载中，可说是中国最早的..；中国神话中女娲、共工、后羿等人也是巫，据传也是此教中人；先秦之后此教就消声匿迹，教义及信奉之神均不得而知，现今只有巫之一字存世，可说是史最神秘给人无限遐想的组织。
对中国文化影响最大的神秘组织就得说先秦时期的墨家，说起墨家对中国人而言可谓如雷灌耳，位列先秦百家之且名列前茅，其组织严密以兼爱非攻为其思想核心，其培养的刺客和生产的军器威振各诸侯有时甚至能影响战争走向；存世著作〈墨子〉其中有关物理学的论述更可作为中国本士物理学的鼻祖。
而要说对中国历史影响最大生命力最顽强的神秘组织非明教或摩尼教莫属，由波斯先知于公元三世纪中期创立，核心教义是"二宗三际论"，，认为世界有空间和时间构成，空间由黑暗光明组成，时间分为初际、中际、后际就是过去、现在、未来。过去光明黑暗互不干扰，现在光明和黑暗纠缠在一起，未来光明一定会战胜黑暗，所以信摩尼教可得救去往明界。
