主流说法，是在湖北九宫山区被地主武装截杀了。
那他埋在哪里？
不知道。
光是湖北，就有两处李自成的陵墓，湖南，还有一个。之所以跑湖南了，只因传说，他并未死，而是做了和尚，法号奉天玉，圆寂在石门夹山寺……
（奉天玉和尚陵墓 图片来源网络，感谢原作者，若有侵权，请联系删除）
也就是说，其实他埋在何处，是个疑案。
明清易代之际，南方的明军要杀他为崇祯帝报仇；清军也要杀他，，假装为崇祯帝报仇，以收买人心。因此，找到他的尸体，就成为两方争相完成的大任务。
《清世祖实录》记载，顺治二年闰六月，努尔哈赤第十二子、和硕英亲王爱新觉罗·阿济格上奏朝廷，说李自成“为村民所困，不能脱，遂自缢死。因遣素识自成者往认其尸，尸朽莫辨，俟就彼再行察访”。
从此处可知，阿济格并未找到李自成的尸首。他给出的原因是，尸首已腐烂，无法认出谁是谁了。从气候上来讲，正是六月大热天，确实会腐烂；问题是，从他的衣服，可以认出来呀——除非，被村民剥掉了……但若如此，他向上面打的报告里，应该会指出来。
（李自成剧照 图片来源网络，感谢原作者，若有侵权，请联系删除）
明朝这边，又是怎样的说法呢？
《烈皇小识》记载，湖广总督何腾蛟上奏，天意亡闯，但“嗣后大行剿抚，道阻音绝，无复得其首级报验……”
也就是说，明军也只从大顺军部属那得到李自成已死的确切消息，但却未找到其遗体……
不过，当时湖北已在清军手里，何腾蛟想去也去不了，因此，所谓道阻音绝，不过掩人耳目，好像他真的去了那里一样……
从上可知，明清两方，都没找到李自成的尸首，他的尸首，失踪成谜了……
不过，历史学家顾诚先生在其《南明史》里给出了一种比较可信的推测——
大顺军当时已没有根据地，天气炎热，“不可能一直抬着大顺皇帝的遗体流动作战，又不可能为李自成修建公开的陵墓，以免为尾追而来的清军所发掘”“唯一的解释是李自成的遗体由随行的大顺军秘密安葬，其地点很可能就在九宫山区”。
（李自成墓 图片来源网络，感谢原作者，若有侵权，请联系删除）
作为严谨的历史学家，顾诚也只敢说自己的研究是推测，李自成墓，可能在九宫山区而已。尽管他无法确知李自成埋在何处，但却解决了明清两方看来，李自成遗体的失踪之谜——被埋在一个不为人知的地方了。
