清朝统一新疆今后，最初在新疆实行了军府制治理轨制。由伊犁将军管辖天山南北，在其下设乌鲁木齐都统、塔尔巴哈台参赞大臣、总理回疆事务参赞大臣及所属的各级处事大臣、领队大臣，分驻全疆各地，设置官府衙门，设置各类官员，治理各地的军政事务。在东部区域则实行郡县制，在少数民族区域实行伯克、札萨克等治理轨制。
1884年，为了适应新的形式，新疆建省，由行省制替代了本来的军府制，由巡抚庖代本来的将军总揽行政事务，并形成了省、道、府、州、县一整套的治理轨制。官员由清廷录用，并首要从外省派遣，取销了伯制止。
新疆巡抚加兵部尚书衔，庖代伊犁将军成为了最高军政长官，管辖节制全疆戎行，并新设立了伊塔道、阿克苏道、喀什噶尔道。个中原驻扎喀什噶尔的移防阿克苏，节制本地驻军。
在道下设有知府衙门，藩台和臬台二司。设四品知府一名，正五品的同知，正六品的通判多数。
