2001年，按照当时的规定，潘卫庆通过成果转让获得300万元转让费。他主动放弃奖励给他个人的部分，将全部经费投入到实验室..建设。2006年，潘卫庆的寄生虫病疫苗研发技术获得国外大型基金会专项资助，一举打破了当时这种疫苗研究清一色由国外专家主导的局面。
这些年来，潘卫庆带领团队自主研制了我国第一个进入临床试验的寄生虫病疫苗，牵头建起了标准、参数与国际接轨的寄生虫病原体疫苗研发..，并在血吸虫病抗原方面研制出拥有自主知识产权的诊断试剂。他们针对寄生虫病防治研发的9项关键技术，已应用于云南、广东、江西等多地的疾控部门。
潘卫庆还牵头承担多个全军重大专项课题，多次执行生物安全考察等重要任务。针对部队对沿海、岛礁等热带地域的卫勤保障增多，潘卫庆又建成2个军队热带医学重点实验室。
2012年，潘卫庆被查出肺癌。历经手术和化疗，他依然忘我工作，治疗期间还多次主动参与组织“中-美-泰”军队热带传染病研讨会，并在大会作了军事医学报告。
2016年，潘卫庆的病情出现脑转移，手术后需要做全脑放疗，但这可能影响认知功能。考虑到数项在研的国家和军队课题，他告诉学校领导，自己决定放弃全脑放疗：“我只想为军事医学多做点事情。”
放弃全脑放疗后，潘卫庆只能接受靶向药物治疗。这种治疗引发奇痒、皮疹和腹泻等强烈副作用，有时被折磨得彻夜难眠，他就干脆不眠不休地投入工作。
2017年12月，由潘卫庆主编的我国第一部《军事热带传染病学》正式出版，填补了我国军事医学领域的这一空白。（马德茂 、王泽锋）
