1984年，英迪拉遭遇了政治生涯中最大的挑战，即锡克族的分裂运动。在英迪拉当政早期，锡克教徒在旁遮普邦占有多数的地位，他们一直试图争取更大的权益和认同。在1984年大选前几年，就不断有锡克教徒和印度教发生争执。
1984年10月31日上午，英迪拉身穿金红色纱丽走出家门，向记者等待的办公室走去。当他走到门口时，负责守卫的3个警卫中有两个向她走来，行传统问候礼。她停下来还礼。就在这时，另一位警卫举起手枪向她射击。当英迪拉倒下后，另外两名警卫也向她开枪。英迪拉的卫队士兵听到枪声急忙冲进来，当场打死了一名刺客，另外两位也受了伤。随后，救护车把英迪拉送往医院抢救。但已经64岁的英迪拉最终因伤势过重，，于当地下午时间1点20分逝世。3名凶手共向她发射了20颗子弹。
由于这可能关系到国家政变。因此没人敢臆测到底是政党的阴谋还是一场意外，但这确实是一个惨案。
