巴基斯坦的军人政府和民选政府长期交替执政，导致整个社会的动荡不安，这与巴基斯坦的特殊国情有关。巴基斯坦长期与邻国印度对抗，并且发生数次大的印巴战争，这就需要有一个强大的中央政府来组织强有力的军事力量来同印度对抗，这个时候往往民选政府难以应对重大的军事危机，而需要军人上台执政，巴基斯坦历史上数次军事政变就是这么发生的。但是军人政府所采取的政策在战时是有效的，，一旦战争危机过后，战时政策的弊端就暴露出来，引起民众的不满，这时民选政府上台执政，缓解社会的紧张关系。所以，军方在巴基斯坦国家中占有举足轻重的地位，巴基斯坦最有权力和话语权的并不是总统，而是军方领导人。
巴基斯坦社会安全形势复杂多变，不利于经济发展。巴基斯坦所面临的安全问题主要有两个方面：
一是长期与印度的军事对抗。自1947年印巴因克什米尔争端爆发战争以来，大的战争有三次，小的局部冲突就不计其数了，由于长期与印度的军事对峙，给巴基斯坦造成比较大的负担和压力。印度的威胁促使巴基斯坦长期保持较大规模的军事力量（目前总兵力61.7万人），将更多的资源投入到军事建设领域，这对于经济形势本来就不好的巴基斯坦，严重影响了对其他领域的投入，同时这样的国内形势也不利于吸引外资。
二是频发的恐怖袭击事件。巴基斯坦西边的阿富汗境内的恐怖组织经常活跃在两国边境地区，并且时常向巴基斯坦渗透，成为威胁国内安全的危险因素。同时，ISIS持续向巴境内进行渗透，巴境内发生恐怖袭击的风险在上升。过去几年，巴基斯坦每年都发生数起恐袭事件，就在今年7月13日巴基斯坦一天就发生两起恐袭事件，造成100多人死亡，针对外国企业员工的绑架事件也时有发生。恐袭风险的增加不但会增加巴基斯坦自身的安防成本，更会破坏巴国的投资环境，把潜在的外来投资者吓跑。
