等到嘉靖皇帝后期的时候，发生了一些兵变的事故，嘉靖皇帝也开始意识到不能再这么下去了，而嘉靖皇帝厉害的是他在避居西苑，醉心修道炼丹的时候，还能够一直掌握明朝天下的政治，民生，财政，军事大权，使得权力都收归到自己手中，没有彻底地放权，这在古代皇帝“不务正业”时放权的做法是有很大区别的，也正是因为这样，嘉靖皇帝后期能够及时改正自己的缺点。
他在后期做了不少的改革的变动，包括疏远严嵩，任用徐阶为内阁首辅，出台了多条利国利民的政策，同时也任用了一些能臣，总的来说，在嘉靖皇帝时期，还是有不少的能臣可用，包括后来的张居正改革中的张居正，嘉靖皇帝的功绩和一些政策，其实也为后来的隆庆，万历时期国家大改革提供了较好的基础铺垫。
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