但是这支强大的海军力量也有自己担心的事情，那就是土耳其空军，在1974年土耳其空军曾经土耳其海军发生过史上罕见的乌龙事件，当时土耳其空军击沉了三艘驱逐舰，随后土耳其海军对土耳其空军进行了反击，并且击毁了一架F-104战斗机，从此之后土耳其的空军和海军更像是一个独立的体系，没有任何配合演练。
在2006年土耳其和希腊军机撞击事件后，土耳其空军也拒绝了海军的救援，而是乘坐货运小艇返回国内，在这方面看，土耳其军舰不返回自己的海港是有一定的原因的，除了进行必要的巡航任务之外，另外一方面防止自己空军再次误伤也是一个很重要的因素。
