十二生肖源于何时，今已难于细考。长期以来，不少人将《论衡》视为最早记载十二生肖的文献。《论衡》是东汉唯物主义思想家王充的名著。《论衡•物势》载：“寅，木也，其禽，虎也。戌，土也，其禽，犬也。……午，马也。子，鼠刀。酉，鸡也。卯，兔也。……亥，豕也。未，羊也。丑，牛也。……巳，蛇也。申，猴也。”以上引文，只有十一种生肖，所缺者为龙。该书《言毒篇》又说：“辰为龙，，巳为蛇，辰、巳之位在东南。这样，十二生肖便齐全了，十二地支与十二生肖的配属如此完整，且与现今相同。
生肖为何取数十二？ 《周礼•春官•冯相氏》载：“掌十有二岁，十有二月，十有二辰，十日，二十八星之位，辨其叙事，以会天位。”时间的分割以十二累进，一纪十二年，一年十二个月，一日十二时辰。《国语•晋语四》载：“黄帝之子二十五宗，其得姓者十四人，为十二姓。”甚至天子妻妾也有“十二女”之说，《后汉书•荀爽传》：“故天子娶十二妇，天之数也；诸侯以下各有等差，事之降也。”
近年,在神农架地区发现了汉族创世史诗《黑暗传》。其中有一个讲述干支来历的故事：“开天辟地之初，玄黄骑着混沌兽遨游，遇到女娲。女娲身边有两个肉包，大肉包里有十个男子，小肉包里有十二个女子。玄黄说：‘这是天干革命地支神，来治理乾坤的。’于是，为他们分别取名，配夫妻，成阴阳。男的统称天干，女的则为地支。”这一创世神话故事，讲干支，讲玄黄神、女娲神，讲乾坤阴阳，将干支的“身世”推溯得十分久远。
