方案二是配合相合的相关或无关供者的异基因造血干细胞移植（HSCT）（酪氨酸激酶抑制剂无法耐受时），治疗的目的是清除白血病细胞，恢复骨髓的造血功能或使该病回到慢性期。
影片中提到的酪氨酸激酶抑制剂（格列宁）作为针对BCR-ABL蛋白的分子靶向药物，在临床上取得了显著疗效，但随着酪氨酸激酶抑制剂在临床上的广泛应用，越来越多的患者对其敏感性降低，耐药及复发成为治疗中最大的难题，并且化疗对骨髓及其他脏器具有严重的毒副作用。
最常报告的不良反应与其它临床研究人群报告的相似，包括腹泻、疲劳、恶心、水肿、血红蛋白减少、皮疹、呕吐和腹痛等，因而影响患者的生活质量并限制临床治疗效果。越来越多的研究发现，白血病患者骨髓中间充质干细胞的调控免疫能力存在病理改变，所以基于干细胞为主的再生医学研究为这一疾病的治疗带来新的选择。间充质干细胞治疗的机理不同于以往化疗治疗，将有望改善这一局面。
间充质干细胞是一类中胚层来源的多能干细胞，具有高度自我更新能力和多向分化潜能，可体外培养扩增，，并在特定培养条件分化为神经细胞、成骨细胞、脂肪细胞、肌肉细胞等。国内有学者发现人脐带间充质干细胞移植或影响伊马替尼诱导的慢性粒细胞白血病细胞的凋亡。该项实验于2016年在中国医学科学院血液学研究所，实验血液学国家重点实验室完成。
人脐带间充质干细胞与伊马替尼联合应用较单用伊马替尼相比却可以显著增加白血病细胞的凋亡。
南昌大学第二附属医院经研究发现间充质干细胞具有低免疫原性及抑制T细胞增殖的独特免疫学特性，还可直接的细胞接触分泌细胞因子，调控机体免疫，减少造血干细胞移植后的GVHD的发生和降低严重程度，提高移植成功率。
