该剧的江苏投资方，以投资合同和收益分配争议，将另一大投资方东阳盟将威影视文化有限公司（下称“盟将威公司”，为当代东方（000673.SZ）子公司）、吴秀波全资控股的霍尔果斯不二文化传媒有限公司（下称“不二公司”）告上法庭。
网易清流工作室近期获悉，围绕《大军师司马懿》收益分配而引发的刑事、民事案件多达五个；其中上述江苏投资方诉盟将威公司的案件，已经于2018年6月11日在江苏省扬州邗江人民法院公开庭审。江苏庭审直播网对此进行了全程直播。
需要指出的是，《大军师司马懿》收益主要包括卫视发行收入和网络发行收入。邗江法院6月11日的庭审直播记录显示，该项目投资各方对其收益分配比例的主张，无法达成共识。在长达6个小时的辩论中，双方相互指证的关键依据是数份互相不被对方“承认”的协议。
网易清流工作室梳理邗江法院6月11日的庭审直播记录发现，《大军师司马懿》项目在制作期间，按照时间顺序曾出现过多份协议：
最早的《联合投资协议》和《补充协议一》，约定江苏投资方、盟将威公司是该剧各占50%投资方，各方对该两份协议无异议；
随后出现具有争议的是《补充协议二》、《备忘录》、《补充协议三》。三份协议均涉及了吴秀波不二公司的利益。
三份协议的主要内容均涉及项目投资收益权转让，包括江苏投资方将45%投资收益权“不作溢价”转让给不二公司；盟将威公司将其手上的50%投资份额转让给不二公司，但享有江苏卫视取得的发行收入，不再享有网络发行收入。
其后再另一份有争议的协议，涉及首映时代的子公司霍尔果斯首映时代影视文化有限公司（下称“霍尔果斯首印时代”）与江苏投资方签署的转让协议，此协议事关江苏投资方将其“剩余”5%的投资份额，作价2000万元转让给首映时代。
