在保护名录制定方面，《条例》明确指出，作为饮用水水源的人工湖泊必须列入湖泊保护名录。生态补偿机制方面，《条例》要求县级以上人民政府对划定为饮用水水源保护区或者具有重要生态功能的湖泊，应当建立市场化、多元化生态补偿机制，并在资金投入、基础设施建设等方面给予支持。
《条例》同时要求，县级以上人民政府对具有饮用水水源地功能的湖泊，应当按照规定划定饮用水水源保护区，设立相关保护标志，并建立饮用水水源地安全评估制度，防止水源枯竭和水体污染，保证城乡居民饮用水安全。水产养殖方面，在饮用水水源的湖泊进行水产养殖的，实行人放天养，禁止投饵养殖。排污口管理方面，禁止在饮用水水源保护区内设置排污口；在保护区范围内设置排污口的，由县级以上人民政府责令限期拆除、恢复原状，并依法予以处罚。
《条例》如何助力推进湖长制？
将湖长制在《条例》中予以固化
省水利厅副厅长吴义泉指出，与河流相比，湖泊生态有其特殊性。
首先是河湖的关系复杂。一个湖泊往往有多条河流流进来，湖泊的管理保护需要与入河的、入湖的河流通盘考虑来治理。其次，湖泊的水体是连通的，边界的监测断面不容易确定。同时，湖泊的水域岸线及周边都存在种植养殖、旅游开发等活动，管理保护不当，易导致无序开发。
此外，湖泊的水体流动相对比较缓慢，营养物质及污染物容易富集，遭受污染后治理修复的难度很大，又因为湖泊的生态功能比较明显，遭受破坏以后，对生态的影响比较大。
为了进一步加强湖泊保护管理，推进国家生态文明试验区建设，我省在湖泊全面实施湖长制，将湖长制在《条例》中予以固化。具体目标方面，确保湖泊面积不缩减，湖泊水质不下降，湖泊生态不破坏，湖泊功能不退化，湖泊管理更有序，以实现湖泊功能永续利用。
