1865年1月，阿古柏护送布苏鲁克来到喀什噶尔。喀什噶尔的统治者思迪克必然是满怀着希望迎接“圣裔”的到来。毕竟，和卓家族在南疆百姓的心目中，是具有至高无上地位的。谁掌握了“圣裔”，谁就可以说掌握了大部分民心。然而，当思迪克见到陪着布苏鲁克一同前来的阿古柏时，高兴的心情便要打上大大的折扣了。被新疆人称作“安集延人”的浩罕人在新疆向来和动乱、战争、征服联系在一起，只要新疆有什么风吹草动，这个邻国就会趁火打劫，这简直快成了惯例。
不过，看着阿古柏身边寥寥可数的士兵，思迪克的防范之心便松懈了下来，仅仅68个浩罕士兵，有什么威胁？虽然浩罕士兵骁勇善战，在南疆有“四十回兵不如一安集延”的流行说法，但这些兵力，仍然显得微不足道。然而，思迪克太小看了阿古柏，也错估了形势。诚然，“圣裔”是他迎回的。但这位“圣裔”比较愿意依靠的还是浩罕汗国和代表浩罕的阿古柏，何况，在喀什噶尔城内有大量的浩罕商人，他们都是阿古柏潜在的力量。思迪克为自己的疏忽付出了代价，作为主人的他，还没有如何尽到地主之谊，就在阿古柏和布苏鲁克导演的兵变中仓皇逃出了喀什噶尔。思迪克也算是一方豪强，自然不会这样罢休。3月，率7000余柯尔克孜兵回袭喀什噶尔。
阿古柏此时显露出了超群的军事指挥能力，仅率100名骑兵夜袭敌军，思迪克败得窝囊而彻底，自己的主力被阿古柏收编，成了他进入南疆的第一支武装力量。4月11日，阿古柏攻克了英吉沙尔，将思迪克残部消灭。阿古柏扶持布苏鲁克建立了“哲德沙尔汗国”，意为七城之国，也就是说，南疆的喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田、阿克苏、库车、乌什七座城市都将是他的目标。4月下旬，，叶尔羌的阿奇木伯克尼亚孜被..武装和热西丁和卓的军队围攻，向布苏鲁克求救。阿古柏立即率数百人马前去，他当然不是去救援，而是要趁机拿下叶尔羌。不过，这一次他失算了，在偷袭叶尔羌的巷战中失利。回军途中，又遭遇热西丁和卓的军队，在罕南力克战役中复大败，逃回喀什噶尔。
库车和叶尔羌联军打败阿古柏后，又相约一同出兵喀什噶尔。热西丁和卓纠集40000部队，由巴楚向英吉沙尔迂回。但叶尔羌军队由于还在围攻汉城而没有如约派兵，热西丁和卓的军队孤军深入，被阿古柏截击，损失惨重。但靠着人多势众又重新展开攻势，两军展开了正面对决。处于兵力绝对劣势的阿古柏率军死战不退，身上多处受伤。热西丁和卓的部队终于没能再前进一步，只得乘傍晚撤回巴楚。这是阿古柏在南疆最后一次被攻击，从此以后，便是他主动向各地进攻，完成他建立“哲德沙尔汗国”的大业了。阿古柏没有追击敌军，转而攻击仍在清军守备下的喀什噶尔汉城。9月1日，清军守备何步云投降献城，清朝喀什噶尔办事大臣奎英举家自杀，残部被迫皈依..教。
