在小说《三国演义》中，淳于琼本为汉右军校尉，后为袁绍部将。官渡之战，淳于琼督领二万人马守乌巢，整日酗酒无备。曹操率军偷袭，淳于琼醉卧而不能迎敌，战败被擒，粮谷被烧，曹操命割去其耳鼻手指，缚于马上放回。袁绍怒而斩之。
曹操官渡之战能赢，是“火烧乌巢”为官渡之战的胜利奠定了基础。当时曹操和袁绍在官渡对峙，许攸就建议袁绍与曹操展开持久战，利用自己兵多粮足的优势拖垮曹操。只是当时许攸的家人因犯法而被审配收捕，许攸因此背袁投曹，并为曹操设下偷袭袁绍军屯粮之所乌巢的计策，袁绍因此而大败于官渡。
在《三国演义》中淳于琼就是十足的酒囊饭袋，嗜酒如命。但是这只是演义小说为了增强小说的趣味性而夸大的表述手法，为了表现曹操的英明果决和袁绍的少谋寡断。
历史上的淳于琼可是和曹操做过同事的人，中平五年(188年)八月，汉灵帝开始设置西园八校尉。任命小黄门蹇硕为上军校尉，虎贲中郎将袁绍担任中军校尉，屯骑校尉鲍鸿担任下军校尉，议郎曹操担任典军校尉，赵融担任助军左校尉，冯芳担任助军右校尉，谏议大夫夏牟担任左校尉，淳于琼担任右校尉，都由蹇硕统一指挥。
蹇硕是汉灵帝身边的宦官，深得汉灵帝的信任。
袁绍出身东汉名门”汝南袁氏“，自袁绍曾祖父起，袁氏四代有五人位居三公，他自己也居三公之上，其家族也因此有“四世三公”之称。
曹操出生在官宦世家，《三国志》称其为汉相曹参之后，曹操的父亲曹嵩是宦官曹腾的养子，，曹腾历侍四代皇帝，有一定名望，汉桓帝时被封为费亭侯，曹嵩继承了曹腾的侯爵，在汉灵帝时官至太尉。
冯芳是宦官曹节的女婿。
淳于琼能够与曹操、袁绍一起被委以重任，这证明了淳于琼绝对不是一个无能之辈。
东汉末年袁绍与曹操由于拥有雄厚的家世背景，各自形成自己的势力，而家世普通的淳于琼也因能力出众被当时最大的势力袁绍招揽，并委以重任。袁绍将沮授统管的职权分为三个都督，让沮授和郭图、淳于琼每人主管一军，但未来得及实行，官渡之战就爆发了。
官渡之战初期，淳于琼与颜良、郭图攻白马，遭曹操轻兵掩袭，仓猝逆战，主将颜良被斩，淳于琼军败而走。两军对峙于官渡。大将被杀，袁绍军心大乱，多亏有老成持重的淳于琼坐镇，袁绍才能够继续保持对曹操的压倒性优势。
