朱元璋的军事实力很强，蒙古人根本不是对手，华夏文明得以从蒙古人的破坏中迅速恢复。蒙古人逃入大漠，实力仍然很强，蒙古人与建立清朝的满族世代通婚，清政权实际上就是满蒙合作的产物。可以说，明朝直接或者间接又亡于蒙古人。
首先，对官员过于苛刻。朱元璋设计政治制度，不相信官员会清廉，认为他们会像蒙古人一样贪污、搜刮百姓，就把所有权力集中在自己手里，所以明朝中央集权程度是中国历史上最高的。后代皇帝不像自己那么能干，行政效率就很低，不仅严重依靠宦官，还设立了锦衣卫、东厂，破坏性很大。
第二，依赖蒙古军队。明成祖朱棣在北方，受蒙古人影响很深，他的军队有很大部分是元代留下的蒙古军队，战斗力很强，是靖难之役的主力。朱棣想像成吉思汗那样雄霸天下，派郑和下西洋，花费巨大又没有收获。朱棣在稳定政权后，把他的蒙古军队放在北方塞外，他们与北方蒙古人勾结，造成整个明朝北方边境都不稳。
第三，对军队过于苛刻。明朝皇帝苛刻，连军饷都舍不得花，所以军队战斗力越来越差。明朝立国初期战斗力还是很强的，那时参军有饭吃。安定天下后，朱元璋不舍得把税赋花在军队身上，就让他们屯田、自给自足，当社会经济发展到一定阶段，百姓远比军队富裕，军队士气越来越低。明朝后期，军队就不再保卫国家了，反倒成了祸害国家的流寇。
第四，受蒙古恶习影响，对官员百姓都不惜人命。宋代皇帝几乎没有杀过大臣，明朝对大臣成千上万地杀，更不重视百姓生命。在宋朝，，百姓有天灾人祸，政府立刻救济。可是到了明朝，天下大旱，李自成造反，政府也不救济灾民，怕粮食流入贼寇之手，结果是更多的灾民成了流寇。
