北京云居寺从隋代开始就将经文刊刻在石版上，而后将这些石版大多藏在挖好的山洞内，从刊刻方式而言，早在汉代，就已将儒家经典刊刻在石头上，这就是著名的《熹平石经》以及后来的《正始石经》等。儒家石经的刊刻主要是为了让学子观摩及捶拓，故刊刻完毕后大多会立在交通方便之处，以便让更多的人来阅读使用。因此说这些儒家刊刻的石经更多可视之为经典的母版，但云居寺刊刻的石经却不同，因为其刊刻完毕后都藏在石洞内，而洞窟盛满之后则将该洞封闭起来，而后再挖新洞继续储藏。
这样的藏经洞在云居寺至少有八处之多，但按照史料记载，至今还有未发现的藏经洞，由此可见，云居寺石经从刊刻之初就是以石版为书。并且其刊刻的目的乃是为了保存经典，而并非让人用来传拓，如此之刊经理念，在中国书籍刊刻史上乃至世界刊刻史上都颇为罕见。而云居寺石经的刊刻工程前后长达千年之久，这同样是中国书史上的奇迹。
云居寺山门
云居寺石经的开创人乃是隋代僧人静琬，清于敏中主纂的《日下旧闻考》转引隋《图注志》中所言：“智泉寺僧静琬，见白带山有石室，遂发心书十二部经，刊石为碑。”云居寺重开山第十三代住持纯山在其所撰《白带山志序》中称：“白带山在涿县之西北，隋文帝建舍利塔于寰区山中，智泉寺其一也，嗣以琬公镌石经藏而知名。”
以此可知，白带山就是现今北京房山区云居寺所处的那座山的山名，白带山上原有智泉寺，而静琬乃是智泉寺僧人。某天静琬在白带山上看到了一石窟，于是发愿刊刻石经。然而按文献记载，北京所处的幽州地区原本有两个智泉寺，一个位于北京城内法源寺东侧，另一个位于北京的房山。而静琬能够在白带山上发现石窟，故有些学者更倾向于他是房山智泉寺僧人。
牌坊
静琬为什么要刊刻石经而后封存于洞中？明末刘侗、于奕正所撰《帝京景物略》中有这样一段话：“北齐南岳慧思大师，虑东土藏教有毁灭时，发愿刻石藏，閟封岩壑中。座下静琬法师承师付嘱，自隋大业迄唐贞观《大涅盘经》成。”
按此说法，刊刻石经密藏洞中的发明人应当是南岳慧思，此前，北魏太武帝和北周武帝间进行了两次大规模的灭佛活动，这两场活动摧毁了大量佛寺，很多经卷被焚毁，这两场运动被佛界称为法难。正是因为这件事，让慧思忧虑如果再有这样的法难，就会使很多佛经失传，于是他想出了把佛经刊刻在石头上而后封闭在石洞内，通过这种办法使得后世在法难结束后想传承佛经在刊刻时有所本。但南岳慧思并未实施他的想法，然而他却命弟子静琬来刊刻石经。刻经活动始自于隋大业间，到唐代贞观年间，静琬完成了《大涅槃经》的刊刻。
刻经泥塑
将静琬视之为南岳慧思的弟子，在历史文献中仅有《帝京景物略》这一段记载，然后世学者认为这段记载没有历史依据，罗炤在《房山石经之源与静琬的传承》一文中进行了辨析，该文从五个方面进行论述，而后得出的结论是：“明末的《帝京景物略》所记载静琬是慧思弟子的说法，是晚于静琬整一千年的刘侗、于奕正杜撰出来的，不仅没有史实根据，而且与慧思的经历、思想、教理教法不能相符，与静琬所处的地理、历史、..文化环境相悖。”
展放的一块经石
那么静琬应当是谁的弟子呢？罗炤先生在其文中提出：“通过以上关于雷音洞与大住圣窟、静碗与灵裕之间的对照比较……在灵裕与静碗之间，存在着非同寻常的一致性……静碗极有可能是灵裕的弟子。”
复建的南塔
静琬是否是灵裕的法脉，于此不展开讨论，然其在云居寺刊刻石经之事，却有早期史料记载，他在白带山刊刻石经首先要建一座寺庙方可完成此事，故而静琬也是云居寺的开创人。唐永徽年间，吏部尚书唐临在其所著《冥报记》中写道：
唐幽州沙门知苑，精练有学识。隋大业中，发心造石室一切经藏，以备法戒。既而于幽州西山凿岩为石室，即摩四壁而以写经。又取方石，别更摩写，藏诸室内。每一室满，即以石塞门，熔铁固之。时隋炀帝幸涿郡，内史诗郎萧瑀，皇后弟也，性笃信佛法，以其事白后。后施绢千匹，瑀施绢五百匹。朝野闻之，争共舍施，故苑得成功。
苑尝以役匠既多，道俗奔凑，欲于岩前造木佛堂并食堂。寐而念木瓦难办，恐繁经费，未能起作。忽一夜暴雷震电，明旦既睛，乃见山下有大松柏数千万，为水所漂，积于道次。道俗惊骇，不知来处。于是远近叹服，谓为神助。苑乃使匠择取其木，余皆分与邑里。邑里喜悦，而助造堂宇，顷之毕成。
地宫内有照明
由这段话可知，静琬是先发愿刊刻石经，而后才开始建造寺院，但建造一所寺院需要大量的木材，静琬难以筹措到这么多的建材。某晚他正在梦中发愁此事，突然下起了暴雨，等天亮时，山洪冲来了数量巨大的大树，于是他有了建造寺院的木材。而此事在刘济元所撰《涿鹿山石经堂记》中亦有记载：“至国朝贞观五年，涅槃经成……其年六月，暴水浮大木数千株于山下，遂构成云居寺焉。”
关于云居寺与智泉寺的关系，《房山县志》称：“云居寺，隋曰智泉寺，以泉名也。”如果这段记载准确的话，那么智泉寺乃是云居寺的前身，而静琬原本就是智泉寺僧人，如此说来，他所建的云居寺应当是在智泉寺的基础上扩建而成者。
远远望到北塔
静琬将智泉寺最终扩建为三个寺院，即东峪云居寺、西峪云居寺以及中峪云居寺，此外还有石经寺，该寺又称云居上寺和雷音寺，另外还有专供刻经的磨碑寺等等。当然这些寺院乃是逐渐形成者，静琬圆寂后，他的弟子继续在此刊刻石经。辽赵遵仁在《续镌成四大部经记》中谈到了静琬圆寂后的继承人顺序：“以唐贞观十三年奄化归真，门人导公继；导公没，有仪公继焉；仪公没，有暹公继焉；暹公没，有法公继焉。自琬至法，凡五代焉，不乏其志。”
到了静琬第三代弟子惠暹时期，云居寺得到了皇室的支持，王守泰在《山顶石浮图后记》中载：“大唐开元十八年，金仙长公主为奏圣上，赐大唐新旧译经四千余卷，充幽府范阳县为石经本。又奏，范阳县东南五十里，上垡村赵襄子淀中麦田庄，并果园一所，及环山林麓，东接房南岭，南逼他山，西止白带山，北限大山分水界，并永充供给山门所用。”
侧旁的唐塔
刘济所撰《涿鹿山石经堂记》中更明确地写道：“既而玄宗开元圣文神武皇帝第八妹金仙公主特加崇饰，遐迩之人增之如蚁焉。有为之功．莫大于此。”
唐玄宗的妹妹金仙公主奏请玄宗给该寺赐佛经四百余卷，这成为了云居寺刊刻石经的底本，同时金仙公主又奏请皇帝将大片田地和果园赐给了云居寺。刘济在文中说金仙公主乃是玄宗的第八妹，也有的文献上说她是第四妹，但无论其为第几妹，在她的帮助下，云居寺得以扩建。
因为有了物质保障，云居寺刊刻石经的工程得以加快步伐，在隋唐时期，云居寺总计刊刻出了经版四千余块。五代时期由于战乱，云居寺刻经之事一度中止。后来白带山成为了辽国署地，辽统和二十二年，辽宋缔结“澶渊之盟”，此后云居寺有了一段安定时期。辽太平七年，涿州刺史韩绍芳上奏朝廷，经皇帝批准，云居寺刻石经之事得以接续。辽应历十四年，云居寺住持僧谦讽对该寺又进行了大规模整修，而刻经的速度也得以加快。
纸本佛经展
金灭辽后，云居寺的刻经事业并未中断。金大定十二年，义谦法师继任云居寺住持，他将该寺由律宗改为禅宗。元灭金后，房山石经的刊刻陷入停顿，然此阶段也刊刻了少量石经。比如元至元元年，高丽僧人慧月来到云居寺，他看该寺庙宇破坏严重，于是募集资金修复雷音洞，并嘱托僧达牧对石经进行补刻。
朱元璋建立大明后，于洪武二十一年，其命姚广孝前往房山云居寺了解刻经情况，姚广孝将所见情况禀报皇帝，于是皇帝下令在洪武二十六年对云居寺进行了修建。明正统九年，朝廷又对云居寺进行过修复。然而到了明晚期，云居寺再次衰落了下来，有些云居寺僧人竟然倒卖庙产，甚至售卖石经。明万历二十年，四大高僧中的两位：紫柏真可和憨山德清来到了云居寺，他们发现这里十分残破，而真可在雷音洞内无意间发现了一个石函，石函内有三颗佛舍利。此事引起了朝野轰动，这些舍利被万历皇帝的母亲慈圣太后迎入慈宁宫内供养，后来又将其中两颗放回云居寺雷音洞内安置。
在朝廷的指示下，云居寺得以修缮，被卖出的寺产也得以赎回，而后紫柏真可将东西云居寺的住持以及僧人召集在一起，对他们严加训示。同时，真可撰写了《示东西云居寺僧众》一文，此文中写道：
涿州石经山为天下法海。自隋琬祖以来，龙像蹴踏，振扬..，代不乏人。逮我明，珠林鞠为草莽，金碧化为泥涂！究其病源，在吾曹性戒不明，事戒不持故耳。老汉实于此山有大宿因，感慨今昔，不能坐视，于是命诸檀越，赎琬公塔院已，赎自隋以来高僧骨塔二百余座已。复思业既失而归复，复而无所守，不若不复。
余外憨山德清也撰写了《复涿州石经山琬公塔院记》。晚明时期，云居寺刻经事业已近尾声，但也有一些居士出资刊刻石经。比如董其昌等人就刻了一些经，但他们所刻之经因为原石洞已经藏满封闭，于是他们将新刻之经藏在了雷音洞附近又开的一个小洞内，此洞俗称为宝藏洞。
进入清代，房山石经的刊刻基本停止，云居寺也因战乱衰落了下来。康熙年间，溟波任云居寺住持，他开始对该寺进行大规模复建。然溟波乃是临济宗第三十三祖，故而云居寺改为了临济宗派。正是在他的努力下，云居寺再现辉煌，故后世视溟波为云居寺重兴初祖。溟波圆寂后，其弟子圆通继任云居寺住持，圆通之后则是了尘任住持，了尘之后则为光泰，自溟波之后的三位住持被并称为云居寺三公。
从清代到民国年间，云居寺颇为兴盛。1942年，日军轰炸云居寺，使得该寺几乎均被夷为平地，仅余未倒的山门屹立。此后乃是因为石经的发掘使得世人对该寺引起了重视，故云居寺又得以修复。
1956年，乃是..创始人释迦牟尼涅槃2500周年的重要年份，中国..协会决定将房山石经从洞中挖出，而后制作拓片，以此来作为献礼，于是云居寺石经洞得以开洞。为了能够对此进行系统的清理，工作人员将云居寺藏经洞作了编号，将其列为一号洞至九号洞。然据史料记载，石经山上还有一座名为孔雀洞的藏经洞，但该洞未能发现。
已发现的九洞，总计清理出石经近五千块，但这与文献记载的数量还有较大的差异。工作人员将石经从洞中搬出而后进行拓印，用两年时间将这些石经拓完之后，又按照原来的位置重新放回洞内并封好了石门。
