中央研究院总干事
1928年，中央研究院成立，先后设立了物理、化学、工程、天文、气象、地质、动植物、历史、心理、社会调查等研究所。叶企孙被选为中央研究院评议员。1941年至1943年叶企孙出任中央研究院总干事。当时院长是朱家骅，没有副院长这一职位，实际上一切行政和学术领导均由总干事负责。叶企孙总揽全局，在抗战时期极其困难的条件下，艰苦地推进了中央研究院以至全国科学事业的持续发展。
抗日战争时期，国内科学研究事业异常艰难，不但条件简陋，而且信息不通，国外科技新进展难以了解，国内同行间也不容易交流。1941年，中央研究院评议会决定出版一种学术期刊——《科学记录》，由叶企孙任主编。他在主持院内日常行政事务之外，为编辑出版《学术汇刊》付出了巨大的热情和大量的心血。该刊的主要内容以发表我国科学论文提要，介绍国外近五年内科研成果为主。他希望通过这样一个刊物，对抗战期间中国的科学研究事业有所推动。1942年11月，《学术汇刊》第一期虽然难产却终于问世，发表了十一个专业的最新论著摘要一百六十六篇，涉及地质、生物、大气物理和天文学的“记述”4篇。
1942至1946年，英国著名生物化学家、科学史学家、剑桥大学李约瑟（JosephNeedham）教授受英国政府委托，来华商谈中英两国文化与科学合作事宜，同时也为自己进行有关中国科学技术史研究搜集资料。因为工作上的关系，李约瑟博土与叶企孙总干事有过多次接触、交谈，相互有了一定了解，成了好朋友。在中国科学技术史方面，两人有着共同的志趣和见解。李约瑟在华期间，叶企孙给予了很多热情、诚恳的帮助，为他提供了不少的资料和方便。李约瑟向我国提供了 最近出版的英国《自然》科学周刊和其他科技刊物的缩微胶卷，这可能是抗战时期，国内唯一的一份外国最近出版的的科技杂志的缩微胶卷，可以帮助我国科学家了解国外科技发展情况。李约瑟的巨制《中国科学技术史》，也是最先寄给叶企孙看，还在第四卷第一册扉页上写道：“此卷谨献给最热心的朋友叶企孙教授，感谢他在昆明和重庆那段艰难时期里给我提供的宝贵帮助。”
