逾期超两年多，接近原定期限的两倍时间，这当然是学者们的问题。但是学者们也很有苦衷。拿课题和发论文一样，都是有门道的。掌握了门道，课题就常常不是一个了，很多学者身上背着大大小小多个课题，纵向的、横向的，国家的、部委的、省市区甚至本单位的，主持的、参与的。教授们多忙啊，教学、参会、讲座，有些还得做行政工作，拉来课题都是指望着学生做。“青椒们”指望靠课题评职称，评各种人才，课题自然也是越多越好。申报的时候，跑、要、抢、争，拿到了就达成目的，结果如何、质量如何，那就任由东西南北风了。再加上很多课题经费管理僵化，钱不好用，造成大家的积极性不高，对于课题取其“名”弃其“利”的情况也很常见。
学识渊博、为人师表的学者们，在课堂上多数严守时间观念，却在课题执行中大面积逾期，不得不说是课题管理体制机制存在问题。首先，将课题和职称挂钩，将课题和人才评定挂钩，比如评教授、副教授至少需要几个课题，评青年长江学者至少需要重大攻关课题等等，这些规定是否科学合理，是否符合中国特色的人文社会科学发展，其实是值得商榷的。其次，课题管理办法尚须与时俱进和进一步细化、人性化。事实上，目前使用的《项目管理办法》仍然是2006年制定的，当时为了管理方便，对于项目的时间一刀切，其弊病已经连续多年呈现。而且对于惩戒描述极为简略，3年不让报课题对于学界大佬们来说毫无压力，追回款项基本上也很难有实操效果。此外还有课题评价等诸多问题，总之对于课题的管理，十多年之后的今天，亟需更细化更人性化的细则。
课题作为一种组织形式，是加强学术合力的有效形式；课题所附带的经费和权力支持，是推动学术拓展的重要推力。但是课题本身不等于学术。尤其是在人文研究领域，中国学者更有自己独立研究的传统，课题如何促进研究，而不是扰乱研究，从而“让经费为人的创造性活动服务，而不能让人的创造性活动为经费服务”，从近半逾期的2013年教育部课题来看，的确到了该系统反思的时候了。
