元朝时明教发展到高峰其组织更加严密形成了以教主为主下辖左右使，四大法王及五行旗护教军等，教军的形成为反抗元朝统治及明朝的建立打下了军事基础。可以说就是在借助明教军事力量的基础上建立的，明朝建立后老朱深刻了解这些民间..的力量所以明教又被禁了。明教又转入地下与白莲教弥勒教融合在清朝时又发起了白莲教起义，从此与农民起义融在一起成为起义的旗帜。
明教历唐、宋、元、明、清五代而不衰生命力可谓顽强，在传教前期混血血统及与中国本土..的融合能力起了至关重要的作用；后期起义斗争中其严密的组织形式及护教军的形成为..传续起了决定性作用。在明教的千年传续中这两者缺一，即使现代也有摩尼教教徒只是比较神秘少见。
