然而当清兵攻破江南的时候，他却奋起反抗，在多地组织抗清活动，甚至还渡海到..来筹措复国之资，但是由于..的锁国政策，他没有成功，便返回到舟山；但是他却不幸被清兵俘虏，清将刀剑加身，逼他剃发投降，然而朱之瑜视死如归，死不投降。这感动了清军中的..将领刘文高，刘文高悄悄放了他，此时东南沿海已经大势已去，他努力十多年没有成果，1661年，，为了保护自己，成全节义，他毅然再次渡日。
清军入关
此时的..是锁国的，中国人其实是无法居住，但是朱之瑜实在是一位令人敬仰的大学者，江户幕府亲自下旨，破格允许他居住..，当他到了江户的时候，德川光国甚至亲自执弟子礼，切不敢称呼其姓名，德川光国请他取一个命好，朱之瑜以故乡“舜水”为号，以示不忘故国。
舜水先生在..四处讲学，传播文化，深得..学界敬佩，而且心念故国，虽然自己生活困苦，但一直在筹措经费，目的是为了将来的复国起义做准备，1682年，他在..去世，其众多..弟子痛哭感念，德川光国更是率诸朝士临其葬。为了表达他不忘故国的志向，连他的坟墓都是明朝样式的。
