隆安三年（399），桓玄攻杀殷仲堪的时候，正值孙恩起兵反晋，无暇顾及荆州的司马道子只好认命桓玄为荆州刺史，都督荆，司，雍，秦，梁，益，宁七州军事，后将军。可桓玄仍不满意，上书要求更大的权利。
无奈的司马道子只好加桓玄都督江州及扬豫八郡。并以桓玄的哥哥桓伟任冠军将军，雍正刺史，桓玄的侄子桓振威淮南太守。可这些让步并不被桓玄放在眼中，他一方面招兵买马，准备作战。
一方面则派人截断长江航运，不让长江上游的粮食运往建康，致使建康米价飞涨，老百姓只能用野菜和谷皮充饥。元兴元年（402），实在忍不住缺粮的司马道子派儿子司马元显率领大军讨伐桓玄。
