《三国志》对诸葛亮的军事能力的评价有失偏颇，认为他“应变将略，非其所长”；但是在治理国家方面还是给予了肯定的评价，“识治之良才，管、萧之亚匹。”刘备病逝于白帝城，将蜀汉这个烂摊子交给诸葛亮。诸葛亮将国家治理得井井有条、政治清明，还有多余的钱粮去北伐，反而破坏曹魏的生产。不得不说诸葛亮在政治上是一个奇才（当然在军事上也是奇才）。
诸葛亮年轻的时候，常常自比管仲和乐毅。当时的人认为他就是一个狂生，整天说大话。其实不怪他们厚古薄今，毕竟那个时候诸葛亮就是在田里种种地，念念诗，根本没有什么成绩。所以说评价一个人要把时间拉长，完整地看他的作为和对后世产生的影响才较为客观。同理，现在的人承认诸葛亮的政治才能，当时的人却不这么想，对诸葛亮的政令有很多非议和不理解。
《三国志注》援引的《蜀记》中有这样一件事。诸葛亮治理益州的时候，制订出一套严酷的法律。这样做势必会引起当地人的抵触，所有人都对诸葛亮非常不满，怨声载道。法正觉得再这样下去早晚要出事，劝谏诸葛亮：“当年高祖进入关中的时候，废除那些严苛的刑罚，只是‘约法三章’，所以获得了民心。主公刚刚占据这里，应该效仿高祖施以仁政；而且我们是外来户，必须让当地人顺服，真心拥护主公才行。”
