这边袁崇焕与崇祯还忙着互相画饼，辽东却掀起了又一场风暴，因为朝廷发不出军饷，辽东士兵哗变，迅速响应13个营地，哗变士兵们怒火冲天，把当官的统统推到城楼之上，逼迫他们发钱，无奈之下，副总兵把仅存的2万多两库银拿了出来，然而这些远远不够，又从别的军区筹借6万两，这才平息了士兵们的怒火。
同年九月，袁崇焕上任辽东，听闻兵变的事情，快马加鞭赶到宁远营地，虽说事情暂时平息，士兵门却情绪紧张，一直在等待后果，都知道等待审判是最难熬的，为了尽快回归到正轨，袁崇焕带着“朝廷圣旨”，宣布：“各兵始还营伍”，兵变十分严重，为此袁崇焕下令逮捕领头人，总计抓出了16名将领，当即斩首示众。
没有受到牵连的士兵们暂时放下了戒备心，然而袁崇焕认为事情不能就这样完结，开始整顿军务，处置违反军令的官员，多方询问最终抓出了几人，士兵哗变发生时，中军吴国琦放任不管，最终以渎职罪名被斩首，其余将领多数都受到处分，只有祖大寿治军严格，手下人没有参与而逃过一劫。
对于没有参与哗变的士兵，袁崇焕大力奖赏，赏罚分明下终于控制住了此次危机，消除了兵变带来的严重恶果。
许多人认为明朝灭亡根本原因是财政问题严重，不过这一点并没有体现在军事支出上，崇祯为了平定心腹大患，全力支持辽东战场，投入了大量钱财，一直都处在“过剩”地步。
战争爆发以后，为了增加获胜筹码，崇祯下旨户部全国征召粮饷供给辽东，百姓税收家中，据说征集到了200多万两，后来萨尔浒之战明军惨败，辽东岌岌可危，朝廷再次出手送去300万两白银，然而此时的朝廷早就没钱了，东拼西凑才拿出了240多万，实际到辽东手的只剩170万左右。
为此朝廷不断加重税收，一直加到每亩九厘，合计一年增收500多万，从后金发难开始直到天启，三年不到，朝廷总计给辽东拨款2000多万，为了填补辽东这个无底洞，皇帝曾拿出了私人存款，户部也节约其他边镇开支，集中力量供给辽东，甚至还动用了关税和盐铁税收。
袁崇焕上任辽东经略以后，崇祯没有食言，给钱给人，两年时间里光是粮饷就给了700万两，要知道明朝末年，朝廷收入主要来自田赋、徭役、盐课和杂色，四项税收基本保持在3000多万左右，一旦赶上年景不好，还要更低，辽东一年用了700万，接近全国税收四成。
起初效果还是有的，依靠巨额财政支持，明朝在辽东囤积15万大军，数量上远超后金，而且在武器装备上也要比后金更为强大，纸面实力上来说，，全方位胜过后金八旗军，然而辽东局势却一直不明朗，广宁之战明朝丧失全部关外领地，2000多万白银打了水漂。
