科索沃战争北约轰炸南联盟的盟军行动中，南达科塔州埃尔斯沃斯AFB第28轰炸联队的5架B-1B被部署到费尔福德英国空军基地进行支援。1999年4月1日开始执行任务，到5月17日B-1B机队执行了超过60架次的作战任务，出动率100%，一次典型的任务持续7—8小时，通常每架飞机挂载84枚Mk-82炸弹。
911事件后，美国针对阿富汗..武装和..发动了持久自由军事行动。在战争初期，第28轰炸联队的8架B-1B作为第28空中远征联队部署到印度洋上的迪戈加西亚岛。2001年12月中旬，B-1B又从迪戈加西亚岛转场到阿曼的苏姆莱特空军基地。
