在沉香开始进入人们视野的同时，它的药用功效也被一起发掘出来。很早人们就利用香料来祛瘟辟疫，净化环境等，而沉香除了这些，更有安神镇定、止痛调中等药效，成为中华医药中的名贵药材。
据说过去广州出国的华侨，每当离开家时，都会带些当地所产的沉香在身上，或者干脆携带一个用沉香雕刻的观音菩萨，到了目的地后安放在住所里，一是用来供奉，祈求神灵保佑平安，，此外还可以作为临时救急的药剂使用。平日里，如果遇到气喘、肚痛、拉肚子、胃部不适等病症，它们就会在神像前拜祭，求神灵庇佑，同时从神像的背后或者底部等不显眼的地方挂下一些沉香的粉末冲水服用，很快就会得到缓解了。
沉香的药用范围非常广泛，因此有着“万能之药”的说法。总结起来可以治疗以下几种常见的病症：
镇定。现代科学研究证明，沉香中所含的沉香醇有很好的镇定作用，所以能够平喘、呃逆，对缓解心腹痛、胃痛也有很好的帮助。
抗菌。沉香有一定的杀菌作用。《名医别录》中称其“疗风水毒肿，去恶气”，在过去广州一带也有不少用沉香驱除瘟疫的例子，这是因为沉香中也含有抗菌的成分。
补益。沉香属于温性，对于男人和女人都是滋补的良药，男性可以用来固本培元，女性可以调养气血。
开窍。《本草纲目》中记载沉香能够清人神。沉香的香气属于暗香，不会有过于香窜的味道，在淡雅的味道下能够提神精神、平复情绪，令气息通畅。
