三文鱼寄生虫一部分对人有害
加拿大生物学家多萝西·基瑟尔（Dorothy Kieser）发现，三文鱼最易感染的是一种叫鲑居尾孢虫的寄生虫，这是一种粘原虫寄生虫，鱼被感染后会失去对行为的控制力出现“眩晕病”。这种寄生虫寄生在三文鱼的体内，形成许多含有乳白色汁液的囊肿，这些白色汁液中又含有大量寄生虫。三文鱼产卵的同时会释放寄生虫孢子，随后，这些孢子会寄宿在海洋中的无脊椎动物体内。
当三文鱼卵在淡水河中孵化后，幼鱼会迁徙回海洋，此时作为第二宿主的海洋无脊椎动物会释放孢子，使幼鱼被感染，这种感染世世代代循环。研究者发现，鲑居尾孢虫并不会对成年三文鱼造成威胁，只有幼年三文鱼会面临这种寄生虫致命的威胁，尤其是那些在淡水中度过时间更长的幼鱼，感染更为明显。其中，以银大马哈鱼感染率最高，其次是红大马哈鱼、奇努克鲑鱼、狗鲑和粉红鲑。不过，鲑居尾孢虫在温血动物体内是无法寄生和产生威胁的，它们对人也不会造成威胁。
另一种三文鱼常见的寄生虫是海虱，这种寄生虫无论对人工养殖三文鱼还是野生三文鱼都很致命。海虱是一种以黏液、血液和皮肤为食的体外寄生虫，它们在三文鱼游动时会附着并寄生在鱼的皮肤上。成年三文鱼可以在感染海虱的状态下生存，但未成年的、皮肤相对较薄的三文鱼则难逃这种致命的感染。研究发现，野生海洋中和开放式的三文鱼养殖场，海虱的数量都高得惊人。海虱对三文鱼的威胁远远大于对人的威胁。
此外，三文鱼体内还寄生着异尖线虫，这是一种可引起异尖线虫病的海洋寄生虫，其生命循环通过鱼类和海洋中的哺乳动物来完成，人虽然不是异尖线虫的适宜宿主，但是误食了含有幼虫、未经煮熟的鱼肉，幼虫可寄生于人体消化道各部位，引起剧烈的腹痛或过敏等反应，亦可引起内脏幼虫移行症。
