新疆自古以来具有重要的战略地位。1912年5月8日，杨增新被正式任命为新疆省都督，在新疆维持统治达17年之久。这17年间可谓内忧外患，杨增新对内采取高压、强人政策，对外采用中立或不干涉政策，对中央政府“认庙不认神”，开启了一个属于自己的时代。
1911年武昌起义爆发，新疆亦积极响应。在新疆革命党人的领导下，1911年11月19日，伊犁起义爆发，建立了革命新政权——新伊大都督府。这时，执掌新疆事务的是新疆巡抚袁大化，而杨增新是袁大化的下属。革命党人一面电促袁大化赞成共和，一面整顿军队准备和袁大化决战。属于顽固保皇派的袁大化不赞成共和，最终双方不得不“兵戎相见”。杨增新是一个善于权谋的人，早就有攫取新疆军政大权的野心。趁袁大化与伊犁起义军交战的时机，他借口要亲临前线指挥作战，招募回队五营却屯扎迪化（乌鲁木齐）按兵不动。战场上失利的袁大化不得不与新伊大都督府停战议和，不久就辞职东归，由杨增新接替主政新疆。此后，新疆政权便落入杨增新之手。
杨增新跃登都督宝座时，可谓四面楚歌。西面有伊犁革命党人的对垒，南疆各地有十分活跃的哥老会，东路是哈密铁木尔领导的农民暴动，北面的阿尔泰则处在“独立”的喀尔喀的威胁之下。危难之中，杨增新首先同伊犁革命党人取得了妥协，以省级和地方级的要职麻痹伊犁革命党人，，分散他们的势力，随后或以重金诱其东归，或以威胁手段迫使去职，继而进行血腥镇压。紧接着，他又对活跃在天山南北的哥老会成员下手，或动用军队镇压，或施展阴谋诡计将头领调至迪化分而治之，还有些人被调往关内杀害。接着，他又以同样的手段镇压了铁木尔?海力派的农民暴动军及以穆依登为首的吐鲁番农民起义军。在此过程中，他还利用..手段，借哈密地方王爷之手无情地残杀了参加暴动的当地百姓，最终筑牢了他的统治地位。
