不过，也许这个称号天生是不祥之兆。永琪获封几个月后，就突然染上了重病，根据当时的宫廷记载，他是“附骨疮”。即使是当时，也并非绝症，不过御医们使用了浑身解数，就是无法治愈荣亲王，而眼睁睁看着他离开人世，时年才24岁。
乾隆对于这个儿子的离世，，非常痛心，但一直都很隐忍。其实谁都知道，他属意的接班人就是永琪。直到他的晚年，即乾隆五十八年时，英国使者乔治·马戛尔尼访华。对于这次访问，最出名的就是双方为该不该下跪而争执不已。其实，乾隆还曾对马戛尔尼透露道：
其时朕视皇五子于诸子中更觉贵重，且汉文、满语、蒙古语、马步、骑射及算法等事，并皆娴习，颇属意于彼，而示明言，及复因病旋逝。
在后代上，永琪也相当不尽如人意。他一共有过六子一女，却有五个儿子都过早夭折，而且从皇家的记录上来看，第四子和第五子绵亿是同年同月同日同母所生，这也是历史中为数不多有明确记录双胞胎。只可惜第四子出生两个月后夭折，而第五子绵亿成为了永琪的唯一一支血脉，人丁并不兴旺，也没有出过太有名气的人。
