事件的处理
重庆防空洞惨案惨案发生后，重庆卫戊总司令兼重庆防空司令刘峙自知大事不好，慌了手脚。后在幕僚的建议下，急忙派出卫成司令部的卡车，把所有窒息而死的人，运至朝天门河坝，用意是这些人因缺氧而死，运至河边空气新鲜处，或可复活。但是，参加抢救的士兵等人员视人民生命如儿戏，他们把尸体施出洞门，有些还未死的，被他们拖死;有些被拖断手脚;有些尚有一丝气息，但因上有尸体堆积，被活活压死。更有甚者，一些参加抢救的人员非但不全力救人，反而趁火打劫，从尸体上搜取首饰、钱物，剥取衣裤，引起群众极大愤慨。运至朝天门河坝的死尸中，确有少数因吸到新鲜空气而复活者。但他们醒来后.发现身携财物已被洗劫一空，感到今后无以为生，便绝望地效声大哭。河坝一带，死尸累累，哭声雷动，其状至惨。
惨案的发生使重庆舆论为之震惊，市民强烈要求惩办责任者。不久，蒋介石下令免去刘峙的重庆防空司令职，遗职由重庆宠兵司令贺国光兼任;重庆防空副司令胡伯翰撤职留任，隧道工程处处长吴国柄撤职，剧处长谢元模记大过两次;重庆市长吴国帧撤职留任。震惊中外的大隧道窒息惨案，至此了结。
死亡人数之谜
有关“大隧道窒息惨案”死亡人数在史学界颇有争议，,有“百人说”、“千人说”和“万人说”。民国政府正式公布的数字,称惨案“死亡992人,重伤151人”，但这一数据显然不能让人信服。
在所有幸存者有关惨案死亡人数的回忆当中,“万人说”占绝大多数。曾入演武厅避难生还的..说:“三个洞子都死了不少人。其中以十八梯大洞死的最多,石灰市大洞第二,演武厅洞子第三,但演武厅洞子也死了不少人,大约有二三千人,总计三洞死了万把人。”近30多年,不少史家和史书采用“万人说”。1985年出版的《重庆抗战纪事》称:“六月五日发生了‘重庆大隧道惨案’,近万人在洞中窒息。“千人说”多为一些施救者的说法。据《南京国民政府军政要员录》中记载:“战时重庆异常混乱,1941年6月,发生了因日寇大轰炸防空洞憋死数千人的事件。”1994年《重庆市防空志》对于惨案死亡人数称“估计为2000—3000人”。
警示纪念
为了纪念“六.五隧道大惨案”死难者，从1998年起，每年的6月5日，重庆都会鸣放防空警报，追怀去者，警示世人。
