结果声势浩大的瓦岗寨一夜之间被王世充击败，秦琼等人被王世充生擒，于是又投靠了王世充，但是秦琼觉得王世充这个人不行，就和程咬金俩人在战场上直接投靠了唐朝。唐高祖李渊听到之后高兴的不得了，把秦琼分配给了李世民。李世民听说过秦琼的大名，一上任就授予他马军总管的职务。
当时正好遇到宋金刚带着尉迟敬德南下，把李渊派去的人都打败了，不光占领了唐朝的大本营太原城，还几乎占领了整个山西，这下李渊可坐不住了，亲自给李世民送行，让他去解决宋金刚和尉迟敬德。
尉迟恭
李世民就带着秦琼和程咬金出发了，在秦琼的带领下一战击败尉迟敬德，杀死两千多人，后来又击败宋金刚，逼降尉迟敬德，在整个战役中秦琼的功劳最大，所以李渊非常高兴，除了赏赐还特意带来一段话。
这段话在新旧唐书中都有记载，大概的意思就是：将军你不顾妻儿这么远来投奔我，现在又立下了这么大的功劳，如果我的肉可以吃，我愿意把肉割下来给你，更别说这些奴婢和财物了，你要好好干。然后还给秦琼升了职位。
李渊
对于这次李渊的原话旧唐书是这样说的：“卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？卿当勉之。《新唐书》的原文是这样的：卿不恤妻子而来归我，且又立功，使朕肉可食，当割以啖尔，况子女玉帛乎！意思都差不多，只是旧唐书更详细一些，新唐书应该是做了改动。
皇帝能对一员降将说出这样的话，将军能不拼死杀敌么，事实也确实如此，在后来跟随李世民平定王世充、窦建德、刘黑闼过程中，每一次秦琼都在最前线，只要敌军阵营里有出来挑战的，李世民都是让秦琼去，就没输过一次，每一次都能在百万军中取上将首级，把敌军的人马吓的远远的躲开，，这一点秦琼自己也挺自负。可见秦琼的功夫要比小说中厉害多了。应该是当之无愧的隋唐第一高手。
