后来嘉靖皇帝明白过来，知道这一切都是方皇后的诡计，她嫉妒曹妃得宠，便设计将她陷害至死。嘉靖皇帝想到自己最宠爱的妃子竟然就这样被处以极刑，心中又后悔又愤怒。但方皇后毕竟是救过嘉靖帝性命，他也不便把事情做绝，，于是只能暂且压住这股心头之火。嘉靖二十六年，方皇后所在的寝宫失火，嘉靖帝不许人施救，方皇后被活活烧死。
这就是嘉靖帝3位皇后的命运归宿，都是红颜惨死，死因都与嘉靖帝有直接关系。嘉靖帝因此也被诟病百年，被认为是最薄情寡义的皇帝。
注：对于方皇后的死因，史料中有不同记载，《胜朝彤史拾遗记》和《十三朝遗史》说是烧死的，《明史》则说是病死的。
