朱元璋竖立明朝，一向首倡嫡长子继续制，因为太子朱标早逝，朱元璋把皇位直接传给了孙子朱允炆，即建文帝。建文帝即位后，因为叔叔们屏藩遍地，势力很大，对皇权发生威胁，于是听信齐泰、黄子澄的建议，起头削藩。朱棣作为朱元璋其时岁数最大的儿子，成为削藩的热点。建文元年二月，建文帝召朱棣进京，朱棣干了两件大事，有学者称：难怪建文帝会输。
建文帝即位后，立刻削藩，第一个被削的是周王朱橚。按照《明史·黄子澄传》的记载：周王，燕之母弟，削周是剪燕手足也。
也就是说，黄子澄正本建议朱棣先削燕王朱棣，但因为朱棣势浩劫图，所以先拿周王朱橚开刀，因为朱橚是朱棣的同母弟弟，朱橚被贬为庶人，燕王就少了一个手足。随后，齐王、湘王、代王、岷王等4位藩王，或被贬为庶人，或被逼死。其他藩王小心翼翼，包罗远在燕京（北京）的朱棣。
朱棣为求自保，和姚广孝等人商酌谋反，为了掩人耳目，朱棣还在燕王府的后院里挖了一个地下室，在地下室广造火器。而且在院墙周围养了好多鸭子和鹅，行使鸭鹅的啼声，来遮挡锻造火器的声音。为了能获取南京方面的新闻，朱棣挥金如土，打通建文帝身边的太监，太监们被燕王的“真心”所打动，络续把新闻传到燕京。
朱元璋驾崩时，不让各藩王入京，到了第二年，即建文元年，按照划定，藩王需要入京朝拜新帝。建文帝召朱棣入京，朱棣十分纠结，若是不去，必然会引起建文帝怀疑；若是贸然前去，说不定就是有去无回。最后朱棣想了一个法子，反其道而行之，不光要去，并且还十分“嚣张”的去，朱棣到南京后，干了两件大情。
《明史纪事本末》记载：二月，燕王入觐，行皇道入，登陛不拜。
朱棣达到南国都后，第一，走了皇帝才能走的道路——“皇道”，第二，见到建文帝后，摆起了叔叔的架子，不下跪磕头。不得不信服朱棣是极其伶俐的，都知道燕王朱棣一项兢兢业业，别人很难抓住错处，他有意露出两个马脚，建文帝反而感觉朱棣没有问题。
朱棣的这种行为，引起了大臣们的不满，御史们纷纷上奏弹劾。建文帝却只说了一句“近亲勿问”。户部侍郎卓敬机要求见建文帝，建议建文帝乘隙将朱棣杀掉，建文帝的回响是：“帝览奏，袖之。”建文帝看事后，用袖子扇了卓敬一下。
到了四月，朱元璋的忌日快到了，朱棣这一次起头装病不去南京，正在人人猜忌朱棣的时候，朱棣派三个儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧去南京，朱棣其时只有这3个儿子，悉数派到南京去，更能显露本身的“忠心”。再一次疑惑了建文帝，建文帝认为朱棣敢这么做，一定不会有反心。有大臣建议朝廷将朱棣的三个儿子悉数扣住，用以挟持朱棣，被建文帝拒绝，建文帝傻乎乎的将三个从兄弟又送回燕京。
朱棣一边在燕王府预备刀枪，另一边用“行皇道入”、“登陛不拜”、“遣三子赴南京”这种勾当，成功麻木了建文帝。建文帝一向把朱棣当近亲，可惜朱棣已经磨刀霍霍，预备大干一场了。有名汗青学者吴晗曾评价：朱棣接连疑惑建文帝，直到靖难之役爆发后，建文帝还在嘱托“勿使朕背负杀叔之名”，如斯心慈手软，建文帝不输才怪。
