明景泰三年（1452年），广东和广西出现“瑶乱”和海盗，兵部尚书于谦奏请朝廷设置两广总督获准，并将总督府始设于广西梧州。
到了明嘉靖四十三年（1564年）六月，两广总督吴桂芳奏请朝廷，用军令、战报和征调军队较困难为由，将总督府迁往肇庆。
明崇祯五年（1632），两广总督府迁移广州。
清代两广总督的前身为顺治元年所置的广东总督，驻广州，兼辖广西。清顺治十二年，总督府又迁往梧州。
清康熙二年，广东总督移驻廉州。第二年，广西政务重新归广东都督管辖，迁驻肇庆。之后又经过两次反复后，广西政务隶归广东总督管辖，更名为两广总督。
清乾隆十一年（1746年），又因郁南、广宁和怀集等地瑶族暴动被镇压，惠州和潮州等地的海匪和倭寇被剿灭，于是总督府由肇庆迁往广州。
历任两广总督历史事件年鉴
