他后半辈子是做大学老师的，主持京都大学的东洋史。1926年他六十岁退休，在京都南郊建了恭仁山庄。
作为学者，他更多继承了中国学术史上对于博通的追求
作为学者，内藤湖南显现出的特征是，非常“博览”与“通识”。
我们一般可能会有一个印象，说..人做学问特别厉害，会搜集资料，会精细的考辨，就像我们中国的乾嘉学派一样，做非常精致的考据，但凡搞出一个结论，就像是一个科学结论一样，是不能推翻的。这方面，内藤也有他专门的论文，给我们留下这方面的研究典范。
另一方面，他更多是继承了中国学术史上这种对于博通的追求。也就是说，治学是为了知往鉴来，是为了资治通鉴。他有这样的情怀，从他做记者的时候，甲午战争、戊戌维新、日俄战争，他都是同时作为记者来写评论的。
到辛亥革命爆发的时候，他已经是京都大学的教授了，1911年11月24日以后的三个礼拜五，他在大学里面做了个系列讲座，演讲自己对于武昌起义以后形势的观察和预测，讲当下的中国将向何处去。他这个讲座的题目就叫“论清朝的过去与现在”。三天的讲座下来，他的预言是说，300年的清朝必灭，革命军要胜利，..必将会诞生！要知道，那个是在10月10日武昌起义刚爆发没多久时候他的预测，那个时候，清朝俨然还是个大帝国，虽然老迈。但他是这样来预测的。最后果然，历史确实像他预测的那样，中华民国诞生。
1915年，他又做了一个京都大学夏季的系列讲座，是分专题来讲的，总题目是“清朝史通论”。这个“论清朝的过去与现在”，后来出书的时候改名为《清朝衰亡论》，加上这个《清朝史通论》，就是我们现在这本《《中国史通论》五篇里面的两篇，这两篇是我翻译的。
他是当时..国内最重要的中国古籍版本和中国文物鉴定专家之一
