第一，东京车站没有安检，也不查身份证。虽然列车上也发生过持刀行凶事件，但是，..铁路公司坚持认为是偶发事件，不能因为偶发事件而给绝大多数的乘客带来乘车的麻烦。所以，东京车站的所有进出口都是自动检票口，不搞安检。乘客只要提前10分钟抵达东京车站检票口，就可以顺利坐上新干线，而且还有时间买一个盒饭。
第二，没有候车区。东京车站各条线列车，均没有候车区，包括新干线在内，乘客是随到随走，就如坐公交车一般。目前只有在新干线列车的乘车区内，有一个小小的候车室，只能容下30人左右。而且像新干线列车，购买自由席车票的，不限车次，可以随时搭乘。这样做的好处是，像中国高铁车站那样巨大的候车空间可以省去，同时，乘客可以自己算好时间随时自由地乘车离开。
第三，新干线与城际铁路在同一个车站内自由换乘。譬如从京都坐新干线抵达东京车站后，可以在车站内自由换乘10几条轻轨线，去自己想要去的地方（新干线车票包含了抵达东京圈内各个JR线车站的车资）。而每一条轻轨线都是紧挨着，走几步就到。出了检票口后，还有丸之内线、东西线等地铁车站相连。一天100多万乘客，就这样瞬间可以疏散完毕。
第四，餐饮店集中在地下街。乘客进出站的主要区域（一楼），主要是出售盒饭与土特产的商店，餐饮都集中在地下一楼，不占乘车区域空间，以保证乘客乘车通道的畅通。
