为了有效打击英国人，柯林斯组建了爱尔兰共和军“飞行游击队”，由多个高度机动的游击战分队组成，专门刺杀都柏林大都会警察部队的特工和其他英国间谍。他所创立的游击战术后被无数 革命者所推崇模仿，但也被恐怖主义分子视为教条，由此他被视为现代恐怖主义运动的鼻祖。在一系列暗杀行动中，柯林斯所表现出的冷酷无情和坚韧不拔，令英国人胆战心寒。
为扭转不利局面，英国政府调集兵力前往镇压，但根本无法消灭柯林斯领导的游击队，往往出动军队前，他已掌握英军全部行程。在柯林斯游击队不断打击下，战争打了两年后，英国人决定与爱尔兰人进行和平谈判。柯林斯被新芬 党推为谈判者，经过艰难谈判，双方达成一个折衷方案，南部26县郡自治，但北部6县郡仍归英帝国统治。消息传回，在新芬 党内掀起轩然大波。
一些激进的民族主义者，包括新芬 党 主席德瓦利拉均表示不能接受条约，指责柯林斯是懦夫和叛国贼，而柯林斯则认为条约是目前爱尔兰所能争得的最好结果。爱尔兰议会最终表决批准了该条约，但随后新芬 党和爱尔兰共和军分裂成两派，反对条约的部队保留了爱尔兰共和军原称号，而拥护条约的部队则改称为“爱尔兰 自由国军”，双方于1922年爆发激烈内战。
柯林斯成 为自由国军总司令，并将爱尔兰共和军打得节节败退，对手于是决定将其暗杀。当年8月20日，柯林斯在视察家乡科克郡期间，被爱尔兰共和军暗杀，年仅32岁。柯林斯遇难26多年后，爱尔兰..脱离英联邦宣布永久中立，翌年英国承认了爱尔兰独立。但是，从柯林斯死后，一直以来，北爱尔兰都有人为南北统一而战斗……
