历史上杀功臣的事情是屡见不鲜，从有皇帝开始就一直陆续不断地发生，古代有一句话叫“狡兔死，走狗烹，飞鸟尽，良弓藏”，所谓功高震主、莫须有的罪名见得是太多了。李世民很少杀功臣跟其有没有大仁义是没有什么关系的，从古至今几乎没有哪个明君是靠仁义来统御朝臣和天下的，李世民是靠杀了兄弟上位的皇帝，因此他就更不用说了，自己的亲兄弟都能杀得，更何况毫无血缘关系功臣，如果真的有功臣妨碍到他的统治，估计也是毫不犹豫地把他杀掉。
举个例子吧，李世民御下的手段是非常高明的，功臣犯事也要事先警告，比如尉迟敬德因座位排序问题对任城王李道宗大打出手，李世民很不高兴，对尉迟敬德说，我最近看了《汉书》，觉得汉高祖杀功臣也不全是他的错啊，功臣也有责任。吓得尉迟敬德连忙跪服，在他人生中的最后十六年，他都窝在家里炼丹，与其说他痴迷道术，不如说他是为了避祸。 李世民不是完全没有杀过功臣，苏轼曾评价“汉景帝以鞅鞅而杀周亚夫，曹操以名重而杀孔融，晋文帝以卧龙而杀嵇康，晋景帝亦以名重而杀夏侯玄，宋明帝以族大而杀王彧，齐后主以谣言而杀斛律光，唐太宗以谶而杀李君羡，武后以谣言而杀裴炎，世皆以为非也。”这个李君羡也是唐朝初期的名将，虽然没能排上凌霄殿的二十四大功臣，但其功劳真的也是很大，可最后因小名死于''女主武王有天下''的谣言。
没有君主喜欢无缘无故杀人，尤其是杀功臣，一般都是觉得功臣妨碍了自己的统治，那这个妨碍怎么界定？一是看君主自己的感觉，二就是功臣自己的表现。君主的感觉是非常主观性的，帝王多疑，搞不好你一个无心之失在皇帝看来就是取死之道，不过皇帝不是一个模子刻出来的，出身经历的不同，总会导致性格不同，而且皇帝的出身也会影响功臣对皇帝的看法，进而影响到表现。比如像刘邦和朱元璋，他们是从底层崛起的，开国的主要功臣也是知道他们底细的，很容易就会想他当初跟我差不多，他都能当皇帝，我为什么就不能？没什么了不起的！这样一来，他们的行为就越发嚣张了。而在皇帝一方，他们也怕功臣造反呐，一看这家伙这么嚣张，杀了！再看那些不怎么嚣张的，这家伙不会憋着坏等我儿子上位再搞事吧，还是一块杀了的好！于是功臣被大批屠戮，朱元璋还很擅长牵连无辜，一杀就是几万人。可出身贵族的皇帝心态就不同，贵族往往拥有巨大的社会资源，不需要白手起家跟一帮子人过命攒第一桶金，就像李世民就是唐朝统一过程中战功卓著，战绩辉煌的统帅，功臣中最多只有可以跟他比肩的，没有绝对超过他的，这本身就是一种巨大威望。在皇帝的权威之下，即便是功臣也会认为这么优秀的人，皇位非他莫属啊，行为自然也会收敛一些，即便出格，皇帝一般也不怕，你敢反，我敢灭，看谁厉害。
此外，李世民不怎么杀功臣还有这些功臣没有什么权力的原因，像题目中所提到的手握兵权的重臣，一般不会出现在太宗朝，尤其是秦琼在太宗朝已经退休了，不掌兵权。李世民一登基就消减私兵，组建府兵模式，太宗朝是府兵制的鼎盛时期。府兵制下兵权由皇帝麾下的十二卫所统领，每一卫设大将军一人，将领二人。这些将领平时以轮流的方式管理事务，负责作为天子的禁军守卫宫城，一旦发生战事就由皇帝任命统帅，调动兵马任其调遣，战事结束之后兵权就交还于朝廷，士兵四散回府中，各自安排工作，也无法形成派系势力。
太宗朝全国最多设有六百余府，约有六十多万常备军，但由于兵将分离的原因，在意义上而言全国兵权都在皇帝手中。以李靖为例，他在太宗朝担任过兵部尚书，也就是国防部长，但是他手头上是没有兵权的，只有战争爆发时，才会被任命为行军总管领兵出征。兵权的缺失使得李世民对功臣很是放心，处理侯君集的时候一点也不急，等到证据充足的时候才下刀子。
