得到了刘备的称赞和赏识之后，马忠可谓是平步青云，官运亨通。建兴元年（公元223年），丞相诸葛亮开府治事，辟马忠为门下督。建兴三年（公元225年）诸葛亮南征，拜马忠为牂牁太守，率偏军平定当地叛乱。建兴八年（公元230年）马忠治理牂牁政绩显著，诸葛亮又辟为参丞相军事，作为丞相留府长史蒋琬的副手，处理后方军政事务。接着又兼任益州治中从事。
虽然三国演义中诸葛亮率军于建兴三年深入南土，七擒七纵蛮王孟获，使得南蛮诚心归降，再无反叛。但那毕竟是小说家之言，历史上诸葛亮南征只是平定了朱褒和高定两人的叛乱。在诸葛亮撤军之后，南中等地的南蛮依然持续反叛作乱，多次杀死前往平定的蜀汉将领和蜀汉任命的当地官吏。而在建兴九年（公元231年）至延熙十二年（公元249年）十八年的时间里，马忠长期镇守南疆，多次指挥部队讨伐当地的少数民族叛乱，维护了蜀汉在南中等地的统治稳定。（督将军张嶷等讨汶山郡叛羌；建兴十一年，南夷豪帅刘胄反，扰乱诸郡。招庲降都督张翼还，以忠代翼。忠遂斩胄，平南土，加忠监军奋威将军，封博阳亭侯。——三国志蜀书马忠传）。
马忠还指挥部队夺回了被南蛮侵占的建宁郡和越巂郡的土地，使得这两个南中大郡重新纳入了蜀汉的版图。建宁郡曾经杀害太守正昂，绑架太守张裔送给吴国，所以以前庲降都督张翼常常驻扎在汉族居多的平夷县。马忠移屯汉族和少数民族杂居的味县。越巂郡一直处于混乱状态，马忠指挥并协助越巂太守张嶷恢复秩序，并因此直接晋升为安南将军，进封彭乡侯。大司马蒋琬北驻汉中，而马忠入朝述职，于是受命到前线宣传诏旨，加拜为镇南大将军。魏国进攻汉中，大将军费祎率军北上增援，马忠留在成都处理政事。费祎班师，马忠才回到南中。延熙十二年死于任上，儿子马修嗣侯。马修的弟弟马恢有一个儿子交马义，后为晋建宁太守。
