1937年11月12日上海沦陷之后，大同大学校园就被战火毁于一旦，全校师生也因无经济实力迁至大后方，胡敦复也不得已留守上海，与全校师生员工一起，开始第二次艰苦创业。
1941年秋至1945年夏，胡敦复受命于危难之时，再一次出任大同大学校长，重建大同大学，在学校董事会和师生员工的大力支持下，大同大学又重新获得了“新生”，及至1946年，大同大学大在校生已达2700余人，中学部达到2500余人。
胡敦复对“大同”创建和发展，倾注了毕生的心血和精力，他始终把“大同”放在自己心中最重要的位置上，对其精心呵护和培育，他曾两度出任“大同”校长达20年之久，不但自己倾其全力，还动员胡氏家族学业有成者加盟和服务“大同”，共同谋划中国的教育事业。
大同大学是一所由中国知识分子自己创办的高等学府，“立达学社”同仁，大多出自江南世家、诗礼之族，秉承先祖遗训，极力倡导和实践教育，以图国家富强，这些人都有游学海外的经历，深得西方办学之精髓，将中国的士大夫办学传统与西方现代教育完美结合起来，“大同”的格局与气象非同一般，在中国近现代历史上颇具影响力和美誉度，足可以标榜史册。
1945年11月，胡敦复辞去大同大学校长职务，校董事会推举胡敦复之弟胡刚复担任大同大学校长，时任浙江大学理学院院长的胡刚复，一方面忙碌于浙江大学的复校工作，一方面又要筹划大同大学的行政事务，作为一个杰出的物理学家，把一些主要精力用于琐碎的事务性工作上，必然对科学研究产生不利的影响，因为人的精力毕竟是有限的。
1949年4月，已年过花甲之年的胡敦复，应在..工作长子之邀前往..休养，从此再也没有回到祖国大陆，而是移居美国西雅图定居。
胡敦复
1950年至1961年，胡敦复在华盛顿大学担任客座教授，1962年退休时已经76岁高龄了。1978年12月1日，胡敦复在西雅图逝世，享年92岁，被家人安葬在西雅图华兴利长青公墓。
晚年的胡敦复，还曾力图在..和美国复兴和传承大同大学，可惜廉颇老矣，已经力不从心，但这始终是他心中的一个心结，他所能做到的，也只能是坐在轮椅上，依靠回忆“大同”的往昔，来打发寂寞和孤独的时光。
1952年10月，全国高校院系调整时，私立大同大学被裁撤，商学院被并入上海财经学院，理学院并入复旦大学，工学院的一些系科，分别被并入同济大学、交通大学和华东工学院，而文学院则被并入华东师范大学，一代私立名校，从此在中国大学序列中彻底消失，也渐渐地被历史的岁月封存，彻底消失在国人的视野和记忆中。
