李自成的大顺一亡，自然也就轮到南明弘光小朝廷了。之后，阿济格和多铎分别自湖北襄阳和河南归德两个方向向南明扑来。此时，南明兵力最雄厚的大将左良玉没有抵抗清军，却反而以“诛士英（南明首辅大臣马士英） 救太子”（当时出现过一个自称崇祯太子的人，但弘光朝廷认为他是假的。）为名挥兵进攻南京，自己人先打了起来。于是，清军在两个方向都势如破竹，顺利攻入南京。南京城破前夕，南明弘光皇帝朱由崧弃城夺路而逃，而后在芜湖被清军抓住，押赴北京杀死。南明的第一个政权——弘光小朝廷至此灭亡。南明灭亡之后，清军扑向割据四川等地的大西政权，于1646年在西充凤凰山击败大西军主力并杀死张献忠，大西政权至此瓦解。虽然之后，南明还出现过与大顺、大西残余势力联合的隆武、永历两个小朝廷，但早已是兵微将寡，整日东躲西逃，，已经不能对清廷构成有效威胁了。但即使这样，清廷依然穷追不舍，直至1662年吴三桂将永历帝绞死在昆明方才罢手。
在今天看来，清廷的这些措施其实并不十分高明，但胜在内部团结，能够抓住对手弱点大胆出击。而南明却依旧延续了明朝后期的老毛病，内斗、党争不断，勇于内讧，怯于应敌，本来有偏安一隅甚至反攻的机会，却最终被打得流窜各地形同流寇，最终覆亡。而大顺、大西直到最后一刻才想到联明抗清，但为时已晚，再也无法逃脱覆灭的命运。总之，当时..的势力虽大，却没能攥成一个拳头一致对外，以致成就了满清260年的帝业，让汉族过了260年剃发、梳辫的日子。这不能不说是中华之悲，中华之耻！
