葡萄牙人协助明政府抓捕海盗是两国交好的重要表现。福建同安人林希元在《与翁见愚别驾书》中记载:"林剪(海盗)横行海上，官府不能治，彼则为我除之，二十年海盗，一日而尽，据此则佛郎机未尝为盗，且为我御盗;未尝害吾民，且有利于吾民也。"此事应发生在嘉靖二十六年(1548年)前后，中葡联合剿灭了浙江双屿附近的海盗。
始建于1562年的澳门大三巴牌坊(原葡萄牙圣保罗大教堂前壁)
两大帝国的握手言和是澳门问题出现的背景。嘉靖三十二年，即1553年，一位葡萄牙的商人头目莱奥内尔·索萨以谦恭的态度寻求与中国贸易。经过友好谈判，广东海道副使汪柏代表明政府同意了葡萄牙人的贸易请求。同时，葡萄牙人声称商船遇到风暴，要借澳门曝晒货物，汪柏在收受葡萄牙人的贿赂之后准允他们上岸定居。《明史·佛朗机传》上说:"自(朱)纨死，海禁复弛，佛郎机遂纵横海上无所忌。而其市香山澳、壕镜者，至筑室建城，雄踞海畔，若一国然，将吏不肖者反视为外府矣。"
葡萄牙人对澳门的经营，使之成为远东贸易的重要中转站和据点。澳门位居古代西太平洋海上贸易网的中心位置，在葡萄牙人的经营下，日渐成为远东贸易航路的中心。澳门至..长崎、澳门至马尼拉、澳门至香料群岛的航线成为葡萄海上商业帝国的重要组成部分。当然，由于紧贴远东地区最大的市场和原料产地--中国，从澳门出发的商船装载最多的还是中国商品。澳门-马六甲-果阿-里斯本航线成为是葡萄牙的经济命脉，这条航路全长达19000多公里，绕地球半圈。
万历年间，明朝政府派官吏管理澳门，每年向葡萄牙人征收地租税金。在清朝末叶以前，葡萄牙人与中国政府基本维持了和平友好的关系，从主权上说，虽然他们定居澳门，但从未享有主权，其与中国政府是一种租赁关系。在此期间，澳门的葡萄牙人还曾数次协助中国政府镇压兵变和剿灭海盗。如嘉靖四十三年(1564年)，粤东柘林兵变，广州被围，总兵俞大猷曾派人联系澳门的葡萄人夹击叛军，"功成重赏其夷目"。万历年间，两广总督刘尧诲还曾联合居澳葡人夹击海盗林道乾，"赏赐银牌，花彩缎如礼，与我师并击"。不过，这一友好关系伴随着清末..的衰颓而一度发生变化，直到1999年才彻底解决。总之，澳门问题长期作为中葡两国关系的缩影，成为16世纪中葡两大帝国碰撞与交往的历史见证。
1999年12月20日澳门回归交接仪式
