董卓死后，李傕、郭汜、樊稠、张济等人欲向朝廷投降，王允不许，于是李傕、郭汜等人又率领仅剩的飞熊军反攻长安，在长安折腾了四年，其霍乱时间甚至比董卓还要长上一年。后因李傕、郭汜、樊稠、张济等人内讧，李傕杀樊稠，并跟郭汜火拼，张济出走屯兵弘农郡。被曹操寻找机会，趁机歼灭。
值得一提的是，张济屯兵弘农郡，军粮匮乏，士兵无粮可食，于是率兵南下掠夺荆州穰城，结果被荆州牧刘表的军队乱箭射死。张济死后，张绣接管了叔叔张济的军队，归附刘表，屯兵宛城。公元197年，曹操南征来到淯水时，张绣自知不敌，率众投降。曹操见张济妻子貌美，便纳为夫人。张绣不满，，为此感到耻辱。于是率领仅剩的飞熊军余部，偷袭曹操驻宛城的大军，杀了曹操的长子曹昂，侄子曹安民，爱将典韦。后曹操率军反攻宛城，张绣投降，这支飞熊军基本被曹操肃清。
随着张绣宛城投降，飞熊军正式退出汉末诸侯征伐的舞台。成为东汉末年最早退场的精锐部队。
