而后，魏帝曹髦不满司马氏专权，不愿坐以待毙。率僮仆数百余人讨伐司马昭，却反而被司马氏所杀，百官们都不敢去收敛曹髦的尸体。只有司马孚前去，将曹髦的尸体枕在自己的大腿上，哭得很厉害，并说道：“杀陛下者臣之罪。” 并上表说要追究凶手。
曹魏畏惧司马氏的权势，便下令将曹髦以庶人安葬（弱化司马氏的弑君行为），司马孚与群公们上表，希望将曹髦以王礼下葬，而获批准。此后，司马孚便退居二线，而没有直接参与到司马氏篡魏之中，但司马孚也被进封为长乐公。
至司马炎篡魏建晋，魏帝曹奂被降封为陈留王，司马孚才再次浮现。握着曹奂的手，痛哭流涕，并说道：“臣死之日，固大魏之纯臣也。” 而司马炎对他的这位叔祖，极其善待，奉以不臣之礼(不将司马孚视为臣子相待)，封其为安平王、食邑四万户，并进拜为太宰。可以说司马孚在晋，是安享富贵、尊宠无比。
