朱元璋那时，曾悬赏50万两白银捉拿他，但他身在海外，拿他没办法。永乐年间，朱棣下了血本，捉拿他的赏金高达750万两白银。当时，明朝每年的财政收入也才1100万两，陈祖义因此也成为有史以来悬赏金额最高的通缉犯。
陈祖义后来是被郑和抓住的。郑和第一次下西洋返航回国途中，不仅没给陈祖义交任何保护费，还派人去招抚他。陈祖义很恼火，但郑和人多势众，他不敢轻易动手。史载，于是他使出诈降计策，派人向郑和表示想投诚。同时，他做好准备，打算趁郑和没防备，一举抢夺郑和的船队。
但陈祖义的阴谋被当地一个叫施进卿的..知悉，把消息提前告诉了郑和。郑和得到消息，，立即作了反偷袭的准备与部署。陈祖义率众来袭时，郑和指挥战船迅速包围敌船，用火攻战术，烧毁了陈祖义一些船只。经过激战，明军杀死陈祖义的部下5000多人，此后，明军又乘胜出击，设法将陈祖义生擒，带回南京。
永乐五年(1407年)，朱棣当着各国使者的面，下令杀掉了陈祖义，除去了马六甲海峡的一个大障碍。施进卿因揭露陈祖义阴谋有功，受到明朝政府嘉奖，被封为那里的首任宣慰史，这是大明在南洋的最高行政机构官员。
有学者认为，史料记载的诈降实际上并不存在，只是给郑和主动出击寻找一个师出有名的理由，大明帝国的基本国策就是不计成本、不留后患地剿灭陈祖义。虽然陈祖义久经沙场、长期纵横海疆，并不容易对付，但在明军的攻击下损失惨重，可以看出，郑和准备非常充分，决心也很大。因此大体可以判断，郑和主动攻击的可能性要更大些。
其实，陈祖义在海上的所作所为，完全是由丛林法则决定的。在海上，谁主宰了一方海域，谁就有权向过往船只征收税费，如若被拒绝，那么，面临的唯一结果就是被抢掠一空。葡萄牙和荷兰的海盗是这个规矩，郑芝龙和郑成功的海上武装集团也是这样的规则。
