但崇祯却没有那么多耐心，他又开始怀疑袁崇焕的良苦用心了，认为他拥兵自重，要挟钳制自己，，甚至有勾搭满清、谋权夺位的企图，即便他没有二心，至少也是要强迫自己采纳他一贯主张的与皇太极议和的建议。这么一想，崇祯感觉胸腔里那颗自以为是而又孤傲清高的 小心脏又受到了很大的伤害。
此刻，满清军队在北京城外大肆烧杀抢掠，城外百姓深受其害，城中官宦在京郊购置的田宅也被清军捣毁劫掠殆尽，不知何时，京城里传出流言说清军是被袁崇焕勾引入塞的，他的目的是要挟皇上与满清议和。口耳相传间，谎言就变成了真理，人们居然信之不疑 ，这些来路生疑的舆论逐渐喧嚣尘上，漫天而起，有人站在城墙上破口大骂袁崇焕是“汉奸”，弄得京城里人心惶惶不可终日，真假莫辨。
崇祯听到这些杀伤力极大的消息后，更加满腹猜疑，他忧心忡忡，忐忑不安。恰在此时，皇太极仿效《三国演义》里的“群英会蒋干中计”一章，使出了一招反间毒计。两位被清军俘虏的明宫养马太监杨春和王成德夜间在监禁处听到几员清军汉族将领的大声“耳语”，道：“此次撤兵，并非我们吃了败仗，那是皇上的妙计，皇上与袁崇焕已有密约，大事不久可成矣”。两个太监听的很清楚，第二天他俩趁清军撤退时乱哄哄的“疏忽”趁机逃脱，回京后立马将听到的“秘密”告诉了崇祯。
崇祯听了这些“小道消息”，不去查明真相，也不仔细分析，以他多疑而忌刻的偏狭性格，当然是立即相信了。他当即下令召袁崇焕进城入宫，并不由分说将他逮捕下狱。袁崇焕麾下悍将祖大寿等人见状，惊诧、恐慌莫名，只好出城等候确切消息。3天后，圣旨到来，说袁崇焕通敌谋反，已经被刑部逮捕问罪，只追究袁崇焕一人，余者不问。三军闻言泪飞如雨，还有将士对传旨太监破口大骂，顿足号啕大哭。假如此时有人登高振臂一呼，说不定袁崇焕的部队真的会集体反水，或投降皇太极，或杀入京城，劫狱救人。
祖大寿是袁的心腹爱将，一贯崇敬大智大勇、大仁大义的袁，他闻讯后当然义愤填膺，立即率部拔营返回锦州，途中遇到了正大举驰援而来的袁崇焕部队主力，了解了北京情况后，大军纷纷拨转马头，当即掉头而回。祖大寿不经请示就擅自撤军，崇祯大为恐慌，他害怕清军杀他个回马枪，再来围攻京城，连忙派人到狱中让袁崇焕写封信，以召回愤愤不平的祖大寿。
崇祯的逻辑有些奇怪，他不肯正式下诏命袁崇焕写信，而是不停地派大臣到大狱里劝说。刚开始袁崇焕坚决不写，他认为崇祯自己不下诏召回祖大寿，却命令陷在大牢里的自己写信召回辽东援军，难道军队是自己私人的？这样做于情于理怎么都说不过去，但小肚鸡肠的崇祯无论如何都不肯向袁认错。在群臣轮番苦劝下，袁崇焕被迫“以国家为重”，写信召回祖大寿。祖大寿正怒火三万丈无处发泄，他把崇祯派来的使者当敌人看，正欲挥剑格杀之，但一见此信确实是袁督的亲笔信，又迟疑不决起来。正犹豫间，祖大寿的老母发话说：“如果你不回军，只能加重袁督师的罪名，如果你能率部回京，还能攻下一些沦陷敌手的城镇，打一些胜仗，或许能减轻袁督的罪责，能解救他出狱”。
