祖大寿觉得有理，于是就率军回返，途中还攻取了两座被清军占领的城池，有截断清军两条退路的深意在内。
皇太极听说崇祯中计，袁崇焕下狱的消息，心中狂喜，于是率军掉头攻克了距离北京只有40里的良乡，并杀奔卢沟桥而去，清军大破4万余明军的堵截，并将明军的“特种部队”——“车军”全部摧毁，一些明军的高级将领被擒杀，消息传来，京师震动。但皇太极侦听到祖大寿率辽东精锐返回，惧怕退路被断，便写了封议和信命人送到北京，自己引大军从山海关缓缓退往关外。
清军已退，一直惶恐不安的崇祯感觉心中大定。彼时，朝野上下，尤其是军队中替袁崇焕申冤求情的人非常多，大家纷纷上书为其辩冤，崇祯却置之不理。 袁崇焕始终以大局为重，他在狱中写信，叮嘱部下将士安心抗敌，半年后，明军把留守关内的清军全部赶出了长城。在长达半年的时间里，袁崇焕即便真的有所谓“通敌卖国罪”也早该调查清楚了，也早就该做出公正判决了。令人意想不到的是，崇祯早不杀晚不杀，却在清军正式退出长城后立刻就杀了袁崇焕。
有些文献记载，袁崇焕惨遭杀害是礼部尚书温体仁收买袁部将谢尚文伪造通敌证据所致，但搜寻史料中的蛛丝马迹，细细推敲起来，发现此事大有玄机，绝非表面那么简单。崇祯一贯刚愎自用，如果没有他的怂恿授意，一个小小的温体仁纵有熊心虎胆也不敢妄杀封疆大吏袁崇焕。究其原因是在于崇祯刚愎固执，死不认错，不肯低下他那颗高傲的头颅、不愿服输的一种表示吧！
崇祯后来在和李自成、张献忠等农民枭雄的反复较量中，其刚愎之君戾狠嗜杀、无端猜忌的典型性格特点表现的尤其突出。他上位后虽然宵衣旰食、筚路蓝缕，表面上绝无昏聩淫乐之君的颓废样子，倒是显出一副力挽狂澜之明君的样范，但他所做的决断大都出于独断专行的猜测之举，且从不听人言，心胸异常狭窄，在统兵作战的将领们动辄得咎，或杀或贬者极多，大家均不知所措，惶恐不安。袁崇焕被凌迟15年后，李自成杀进北京，崇祯自缢于煤山，身边只有一个忠心耿耿的太监王承恩陪伴赴死......当时，明军在长江以南尚有近百万军队，可左良玉、高杰等将领却按兵不动，坐视崇祯以及大明灰飞烟灭。明朝从杀功臣始，又以杀功臣终。被崇祯千刀万剐的袁崇焕到底冤不冤？从他临刑前写就的一首绝命诗中应该可以找到答案：一生事业总成空，半世功名在梦中。死后莫怨无勇将，忠魂依旧守辽东。
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