南京由此遭遇到建城史上空前的毁坏与打压，曾经王气十足的六朝都城被夷为废墟。南京及其周围地区在此后300年间，成了“幽径”、“古丘”的象征，被诗人写作“吴宫花草埋幽径，晋代衣冠成古丘”，一派荒凉景象在诗间跃然而出。
唐朝建立后，李唐皇帝鉴于陈朝灭亡以来，屡屡有人据陈朝故都叛乱的情况，继承了隋朝对南京的态度，对南京的打压始终有增无减。地拥金陵势，城回江水流。 当时百万户，夹道起朱楼。 亡国生春草，离宫没古丘。空余后湖月，波上对江洲。 ——李白·金陵三首其二
李白曾到金陵作诗三首，凭吊六朝遗迹，抒兴亡之感。六朝故都威严华丽的“朱楼”、“王宫”，在唐代都已湮没不见，只剩下依旧如昔的后湖月。
以至于南京这座六朝时期的全国最大都市，却在大唐光辉璀璨的盛世中，迎来无比黯淡的漫长300年，只留下山围故国的荒凉和潮打空城的寂寞。压制、贬低与打击
隋军灭陈朝时，除了被夷为废墟的城邑宫室，这座都城的行政建制也被撤销和降格。
继隋文帝废除丹阳、建兴、秣陵、湖熟、临沂、同夏等郡县，在石头城另置蒋州之后，唐朝将南京地区置于江都（今扬州市）管辖之下，并频繁以丹阳县、江宁县、归化县、白下县、上元县等名称来改变南京的称谓，南京在唐代自始至终只得到县一级的政治待遇。
“若到上元怀古去，谢安坟下与沉吟”，杜牧这句诗中的“上元”，便是彼时已经连降三级而被称为上元县的南京。
